對於農地違章工廠亂象，逢甲大學土地管理系教授何彥陞指出：「法律規畫了一條就地合法的路，不走又如何？不就跟現在一樣嗎？是不是到時再修法延長就好了？」吳其融也批評，經濟部只設定時程，卻未訂立輔導與轉型方針，過去十年的悲劇只會再度上演。
子法半年內修訂完成，明年初上路
修法實施後，低汙染工廠必須繳交「納管輔導金」；若完成改善計畫，則須繳納「營運管理金」；若自特登申請合法則須支付「回饋金」。雖然法規中都未訂定實際金額，但已成為未來修訂子法的戰場。
長年負責農地工廠業務的前經濟部工業局中部辦公室簡任技正雲瑞龍，曾在一場非公開場合向工廠業者保證：「我們目前設計的輔導金是二萬到十萬而已！」據瞭解，經濟部內部的確規畫依坪數收取納管輔導金與營運管理金，但一年最高為十萬或二十萬元，最低僅要二萬元。
另外，修法過程中不斷替農地工廠業者爭取權益的立委林岱樺曾表示：「中小企業這些打不死的蟑螂，它本身就是最弱勢的一群！」她欲減少農地違章工廠取得「合法」的回饋金，從過去法規規定的五○％農地市值減為五％。不過，她的提案連同黨立委陳曼麗都反對。
面對環保團體與學者的質疑，工業局副局長楊伯耕表示，相關子法包括申請登記特定工廠、低汙染工廠認定以及回饋金的設定，都將於半年內修訂子法，預計於明年初上路。屆時經濟部也將提出具體方案，要求各縣市提出管理輔導計畫，並清查所有違章工廠。
北彰化三分之一農地遭汙染
《工輔法》的修法定調為「全面納管、就地輔導」，中南部各縣市保守估計皆約有兩千至四千間未登工廠，這對負責納管、審查的地方政府來說，是相當龐大的業務量，不僅各地方政府謹慎以待，環保團體對政府的清查與稽查能力也大打問號。
前行政院長林全曾於一七年九月宣示，一六年五月二十日後新建的違章工廠即報即拆，至今三年內至少新增超過一．五萬間違章工廠，第一波卻僅拆除了十六件。彰化環保聯盟自林全做出政策宣示後，曾四次發文檢舉共三十八間違章工廠，目前也僅有今年一月檢舉的十二件遭斷水斷電，顯然即報即拆遠遠趕不上工廠新建與汙染的速度。
環保署督察總隊中區督察大隊隊長許正雄提到，彰化的工廠以皮革、五金、電鍍等重金屬產業居多，未經處理的廢水就流到水圳，再經農地引水灌溉造成惡性循環。北彰化一八○○公頃的農地當中，估計有六百公頃遭到汙染，占了三分之一。
去年十二月許正雄在彰化東西二圳旁，查到有電鍍廠在夜間排放毒廢水，包括氰化物、鉻及銅等有害健康物質都超標。經調查後卻發現這是一間合法工廠，雖設有汙水處理設施，但為了節省成本，繞流排放有害廢水。「有登記的都有可能違法了，何況是沒登記的？」他嘆了口氣。
《工輔法》修法已經落幕，然而被經濟部稱為修法三把劍的「新增建即報即拆」、「中高汙染優先處理」與「低汙染就地輔導」卻顯得無力，還有待中央政府擬定相關子法、執行方案以及地方政府推出管理輔導計畫，這三把劍才能真正揮向農地上的毒瘤。
