為解決農地違章工廠沉痾，立法院臨時會今（27）日三讀通過《工廠管理輔導法》修正案，明定「特定工廠」之有效「落日」期限為20年。其中，輔導農地工廠合法化分為兩階段，在第一階段，低污染的未登記工廠須在2年內申請納管、3年內提出改善計畫，並在10年內取得「特定工廠」登記；在第二階段，則須完成建物、土地之合法變更。
根據農委會統計，目前可供糧食生產土地面積僅剩68萬公頃，農地作「非農業使用」面積為6.7公頃，其中作為工廠者約1.3萬公頃。為管理農地違章工廠，政府分別在2010年、2014年修法，欲輔導低污染的工廠，辦理臨時工廠登記，但成效不彰，原訂輔導期至明年6月20日，眼見大限將屆，立委、行政院再度提出修法「解套」。
行政院提案說明指出，農地上的既存工廠估計有1.4萬公頃，但農地開闢為工廠後，難以恢復供農業使用，若不納管將對環境造成危害。為全盤管理未登記工廠，將採「全面納管、就地輔導」方式，以達到環境保護、經濟發展、勞工就業三贏局面。
值得注意的是，行政院版本雖規範農地不可新設工廠，既有工廠不得汙染、危及公安，未登記工廠則以「全面納管、就地輔導」原則處理，以達成「拚經濟、護就業、顧環保、守農地」目標，但並無「落日條款」，招致環團抨擊，最後經各方折衝、協調，民進黨團最後提出20年落日的修正動議，並經表決通過。
2016年5月20日後新增工廠 依法拆除
針對違章農地工廠，三讀條文以2016年5月20日為界，在520後新增的未登記工廠，應即依法停止供電、供水及拆除；至於先前既有之工廠則分別處理，其中，中高污染的工廠將輔導轉型、遷廠或關廠，拒不配合者，可依法斷水電、拆除。
至於低污染的未登記工廠，三讀條文規定，須在修法後2年內向地方政府申請納管、繳納「納管輔導金」，3年內提出改善計畫，完善廢污水處理及排放機制之規劃等，經核定後於2年內完成改善，如有正當理由未能改善者，可申請延展，但限於10年內完成改善並取得「特定工廠登記」，否則計畫將失效。
三讀條文也明定，已取得「特定工廠」登記者，要每年繳交「營運管理金」，直到取得土地、建物合法使用證明文件為止；「特定工廠登記證」的有效期限，則在本次修法起的20年止，特定工廠須完成「使用地」變更，才得申請工廠登記。
新增「吹哨者條款」 檢舉違法工廠有獎勵
通過之條文亦備有「吹哨者條款」，若民眾能敘明事實或檢具證據資料，就能向縣市主管機關檢舉2016年5月20日後新增的未登記工廠，或是之前既存的中高污染未登記工廠，以及未依法申請納管的低污染既有未登記工廠，獎勵方法由經濟部定之。
三讀條文也規定，取得特定工廠登記者，只能依現況使用，不得變更事業主體，也不得變更負責人、不得轉供他人，不得擴廠、增加產業類別等。違者經濟部應令其限期改善，並處工廠負責人10萬元以上、50萬元以下罰鍰，屆期未改善者，應廢止其特定工廠登記。
為達成未登記工廠全面納管、就地輔導的政策目標，通過條文也規定，經濟部應設「工廠管理輔導會報」由相關部會、地方政府組成，開會時得邀專家學者、民間團體代表參與，負責推動各項工廠管理輔導工作檢討及改進措施；必要時得報請行政院協調之。
三讀條文也規定，會報決議之事項，相關部會及直轄市、縣市政府應落實執行，經濟部應定期追蹤管考，每年公告於網站。
