因特勤人員走私龐大免稅菸品意圖隨總統出訪回國後闖關一事，特勤維安系統有如「多頭馬車」的現況再度浮上檯面，由於現階段看起來是總統府侍衛室主導了此次購菸事件，但在外界不了解彼此關係、法源依據下，國安局乃至特勤中心因此被解讀成是揹了黑鍋。國安局長邱國正今（2）日親率特勤中心副指揮官周廣齊中將、局本部政風處長劉異海等人召開記者會，宣示未來將直接督管總統府侍衛室、總統警衛室。
在現行制度下，府侍衛室是總統府的一個編制，警衛室則是隨總統當選後成立，國安局日常無法對其直接進行督導，僅有在特勤任務執行時，須接受國安局指揮，其他時候就是管不到，也因此衍生當前的局面。例如這次總統出訪，就是由侍衛室統籌，特勤中心僅對警衛計畫加以審核。邱國正上任後，特別就此部分進行檢討，未來將由副局長層級官員銜局長之命，納編局幕僚單位實施編組，直接對侍衛室、正、副總統警衛室進行督考工作。
「無論用什麼方法，我都要管到人！」這是邱國正今天展現的決心，未來督導前也會告知相關人員，要讓主官了解、熟稔自身業務，「不知道不是理由！」有部分媒體認為此舉在法制面恐難執行和維持，但邱國正表示，目前定調就是以內規方式處理，長遠來看，再以健全法制為目標。邱進一步表示，這些單位都有要用人又不想管人的心態，自己雖然只有在特勤任務時才是指揮官，但在既定制度下，未來將直接對侍衛室督導，預算部分由原單位編列，因此沒有修法問題。
列席的周廣齊則指出，過去指揮系統是平行協調，現在就是垂直整合，如今每天上午的聯合會議現已加入侍衛室的席位，讓各項命令都能直接傳達。周進一步指出，局聯合編組未來針對侍衛室和正、副總統警衛室將進行包括勤務執行狀況、械彈管理、軍風紀維護等，「這不是越權，而是將螺絲栓得更緊！」
