尤其是華航集團在國安人員私菸案涉入的部分，不僅包括華膳空廚，還包括華航本身，華膳空廚免稅倉庫所存放之菸品，貨物所有權人並非華膳，而是華航空品處。換言之，本案涉及行政罰部分，除了華膳違反《海關緝私條例》、《保稅倉庫設立及管理辦法》之外，華航在國安人員走私案所應面臨的行政裁罰，才是最為關鍵之處。
馬政府時代，財政部國庫署在2014年6月26日曾頒佈了一項函令，要求2015年起，輸入菸品申請進儲物流中心及保稅倉庫，應取具財政部核發之菸「進口業許可執照」始得進儲，但免稅商店以及國際航空公司所屬保稅倉庫，並未要求取得菸品進口業許可執照。
據了解，華航歷年配合元首出訪，均有提供隨行人員免稅品預購服務，今年7月國安特勤人員爆發洋菸走私事件，更曾傳出華航為協助總統專機人員訂購免稅品，開發專屬網路預購訂單之情事。以《菸酒管理法》明文規定旅客最多可攜帶5條香菸入關，華航對於國安人員訂購逾萬條香菸，理應知道訂購數量已明顯超過《菸酒管理法》規定之個人攜帶上限，但竟然仍配合國安人員訂購洋菸，並且將9200條存放於子公司華膳空廚之免稅倉庫。
報關業者酸財政部：「刑事優先」原則頗為自由心證
熟知內情人士表示，在國安人員走私案中，檢調單位目前就華航部份，係針對相關人員違反《菸酒管理法》、《稅捐稽徵法》等部分進行偵辦，上述二種法令，都可能涉及刑事責任。首先，《稅捐稽徵法》第43條規定，華航在洋菸走私案中，可能成為國安人員逃漏洋菸「關稅」、「營業稅」、「健康捐」等稅捐之教唆犯或幫助犯，依法最重得處3年以下有期徒刑。
至於《菸酒管理法》部分，華航除了可能面臨最高600萬元罰鍰之外，依據該法第49條，華航與本次捲入私菸案的華航員工，未來也可能以「輸入私菸」罪名處20萬到1000萬元罰鍰。
尤其華航是本次國安人員私菸案中的「貨物所有權人」，依據《關稅法》，華航與華膳空廚應該據實申報空中銷售菸品之數量；事實上，華航早在2011年就曾因為捲入私運乾魚翅事件，遭到最高行政法院以違反《海關緝私條例》與《營業稅法》裁罰，創下了國籍航空遭走私裁罰的先例。
業者表示，華航在私菸案中，違反多項法令，其中協助國安人員「私運貨物」的行為已非常清楚，但財政部國庫署與關務署仍以「刑事優先」原則，迄今仍未對華航開鍘，反觀這次提供私菸儲存的華膳空廚，關務署卻火速在7月底，即以違反《海關緝私條例》第35條「擅行移動貨物」，對華膳處罰15萬元，對照2013年底華儲捲入海洛英走私案，關務署一直拖到2018年年中才對華儲裁罰6萬元，財政部的「刑事優先」原則，實在頗為自由心證。
