私菸案造成國安人事大地震，其中特勤維安系統多年來有如「多頭馬車」的情況再度引發討論。由於過往總統外出，負責安全維護的國安局特勤中心和總統府侍衛室，在執行特勤工作時受國安局長指揮，但勤務之外卻變成「看得到、管不到」的窘境，因此有消息指出，高層決定成立有如美國秘勤局一樣的獨立單位，專責主導維安這一塊，而一旦成真，特勤中心恐面臨裁撤命運。
在現行維安系統及制度下，除隨總統成立的警衛室、總統府既有編制的侍衛室，其他包括國安局特勤中心、憲兵指揮部警衛大隊、警政署保六總隊警官一隊甚至是中、外衛區的憲兵和警察，構成整體安全防護網，這種複式部署的方式，也有相互監視制衡的作用；當特種勤務生效時，上述單位分層負責，接受國安單位調度指揮協調，確保層峰萬全。
國安局及特勤中心對總統身邊人員管理 恐力有未逮
然而在其他例如獎懲、升遷、教育訓練、考核等其他部分，以這次私菸案而言，幾位被調職回軍、回警甚至面臨司法調查的軍、警職特勤人員，多隸屬於總統蔡英文的「永和」警衛室或是總統府侍衛室，這些人面臨追究同時，外界多以「國安私菸案」、「特勤私菸案」等用字遣詞加以稱之，可是實則國安局乃至於特勤中心日常上，對於總統身邊人員的管理恐力有未逮，輿論抨擊之際，國安單位可能也有摸摸鼻子背黑鍋的難言之隱。
而每當發生重大軍風紀事件，或是勤務紀律出現大狀況，檢討這種多頭馬車情況並統整成一個專責單位的聲音就會出現，比照美國成立一個秘勤局的討論始終沒斷過。可能的情況就是在總統府正式編制一個專責維安工作的單位，預算編在府內，不過這樣可能造成國安局現有特勤中心功能縮水甚至員額、經費遭砍或是面臨裁撤，由於牽動層面廣，所以多年來都僅停留在討論階段而未進一步實現。
國安局長邱國正上任後，幾次被問到是否有相關規劃時，都強調「現有的指揮鏈沒有問題」，他也宣示要將總統警衛室、總統府侍衛室抓攏，平常由國安局副局長層級官員直接率隊督導。據悉，相關做法自邱國正接掌國安局長後至少已施行兩次，這個模式儼然成形，而之前此舉曾被質疑於法不符，因此國安局應是以內規方式處理。
對於近日傳出總統府將成立秘勤局的訊息，國安局今（11）日也發布新聞稿澄清相關訊息與事實不符，強調國內報章媒體社論曾提出相關意見，然國安局從未有成立秘勤局的規劃及協請立法院會期配合推動的情事。
