教育部從二〇〇五年起推動的「邁向頂尖大學計畫」（俗稱五年五百億計畫）和從二〇一八年起推動「高等教育深耕計畫」（簡稱深耕計畫），對台灣高教現況的幫助巨大，否則過去十多年，國內大學的日常運作與世界排名會更艱辛與難堪。（與五年五百億計畫不同，除教育部之外，科技部也參與補助和推動深耕計畫。）
已經結束的「五年五百億計畫」暫且不論，進行中之「深耕計畫」的窒礙難行，則癥結在於其經費分配過於雨露均霑，補助單位想要面面俱到，同時又對執行成效之考核要求得又快又急，並且極度依賴績效指標（KPI）作為審查標準。因為幾乎完全依賴績效指標判定優劣，所以教育部、科技部以及大學都不得不把高深學理研究、產學專利工商生產、國際縱橫合作交流、博碩士生就業和薪資、境外擴大招生、大學部英語授課、中學生科普推廣等等，全部包山包海涵蓋進入計畫任務範圍之內。理由很簡單，因為項目涵蓋得越多——即使項目目標相互矛盾，本質彼此抵觸——加總KPI分數也就會越高，對爭取經費越有利。
簡言之，這是一個績效考核目標錯亂的高教計畫，意圖以有限的經費，多方討好，面面俱到，甚至僥倖撿到寶，一鳴驚人。試舉四例說明並質疑如下：
一、就業機會好壞、薪資高低，怎是教育部該（越俎代庖？）替經濟部、勞動部操心，而要求教授執行，大學受評的？
二、國際一流大學專注於學術研究尚且孜孜矻矻，兢兢業業，台灣高教豈能以卑微的資源和人力，既要求與國際歷史悠久的著名大學競爭精深學理，又要求配合在地業界需求立即助其上線生產，提升利潤？
三、許多國內大學生用中文講課已經難聽懂，上課常缺席，遑論來聽英語授課？況且，有不少境外生的基本學力和英語程度，未必在本國學生之上。
四、從上自以最頂尖的學術研究成果及專業術語發表國際頂級期刊論文，下至以日常語言旁及身邊生活萬象對中學生科普演示，請問全世界有幾位大學教授具此稟賦，既能天文地理知識縱橫無礙，又能在大庭廣眾之間唱作俱佳？
總之，國內大學的經費少得可憐，所以五年五百億計畫和深耕計畫是「及時（小）雨」，使高教整體情勢的惡化速度稍稍減緩。這些計畫必不可少，不應廢除，但計畫執行成效不彰的癥結在於不宜年年（或季季？）進行考評，要求立即的、耀眼的成果（以供媒體報導和立委質詢？）。考評宜著重教學與研究的實質逐步改善及進展，以期細水長流地復原高教體質和生機。不應好大喜功，以不及國外主流大學十分之一，甚至百分之一的經費，就常常欲藉由媒體版面取悅社會，放話說許多受補助單位都持續地開發了新產品，多項成果遍地開花並獨步全球等。事實上，媒體豈能準確判斷學理學說是否卓越深化，新創科技是否睥睨國際頂尖紀錄？頂大計劃的執行成效，豈是該經由刻意搶攻媒體版面以應付或討好考評？
