澎湖縣經賭場爭議後18日行政院環保署證實，縣政府提新建焚化廠計畫，將在湖西鄉興建每日可燒100噸垃圾量的焚化爐，以處理澎湖、金門與連江三離島縣的垃圾。環保署預計明年編列5000萬預算給澎湖縣政府做可行性評估報告，環保署對於地方政府願意處理自己垃圾樂觀其成，不過環保署強調，經費還在行政院審議當中。
環保署指出，已經先編列5000萬元預算，在明年用於修繕屆齡除役的焚化爐，希望焚化爐可以延役15至20年外，還有一部分將補助澎湖作為興建焚化爐的規劃。為期6年的「建構綠能永續新世代垃圾處理計畫」，預計編列160多億元，中央負責110億元，但實際的經費仍要看政院的核定比例。
澎湖縣的垃圾問題其實一直都有，原本主要是以掩埋的方式處理，直到各個掩埋場逐漸飽和，一天約50公噸的垃圾都是跨海往高雄來運送，但高雄市調漲外縣市垃圾處理費，台中市以自顧不暇為由拒收外縣市垃圾，使得去年跟今年爆發多次縣市垃圾大戰及垃圾堆置無處去的問題。
除了澎湖之外，環保署表示，有問過其他目前沒有焚化爐的縣市是否需要興建焚化爐，但僅澎湖有提出需求。 環保署表示，焚化爐是地方事務，尊重縣市決定，且地方有意願處理自己的垃圾，環保署樂觀其成，但澎湖要蓋焚化爐的話，還是要尊重地方民眾的意見。
持反對意見的看守台灣協會秘書長謝和霖批評，民進黨第一次執政時，曾正面回應民間不要焚化爐、要零垃圾政策的呼聲，2003年12月核定「垃圾處理方案之檢討與展望」，確立零廢棄政策目標，宣示不再興建焚化廠。垃圾轉運處理成本提高，是澎湖力行垃圾減量、分類、回收再利用的契機，以觀光為主、面積小、人口少的離島縣市，垃圾成份單純，廚餘、紙類、塑膠就佔了9成，大多可以回收，只要能好好進行宣導教育，減量分類回收，不用蓋焚化爐。
環境督察總隊總隊長蕭清郎表示，地方要處理自己的垃圾，環署樂觀其成，但澎湖要蓋焚化爐的前提，尊重居民的意見。
