總統蔡英文上任後，揭櫫5大產業創新研究計畫，其中位於高鐵特定區的沙崙綠能科學城，將作為我國綠能科技創新產業生態系的發展基地，獨立撰稿人朱淑娟並以〈沙崙綠能科學城重點是「造城」不是綠能〉為文討論。台南市政府表示，沙崙綠能科學城政策遭部分媒體誤導，將攸關台灣發展的重大建設扣上「土地開發利益」，感到「遺憾」。
沙崙綠能科學城 中央縝密評估
台南市政府認為，朱淑娟的〈沙崙綠能科學城重點是「造城」不是綠能〉文中，以台南市副市長吳宗榮一句「我代表賴市長感謝大家大力幫忙」，就此認定綠能科學城是蔡英文為台南市量身打造的計畫，事實上，中央選址是經過縝密評估，主要原因包括土地屬高鐵產專區，無土地徵收問題；交通便利，有利鏈結國內及國際；鄰近成大、交大光電學院、中研院南分院、經濟部金屬工業中心、南科、各工業區及台南市會展中心等，可有效鏈結產學研研究能量；台南市政府積極投入再生能源發電，全市太陽光電發電全國第一等客觀條件，才能獲選。
朱淑娟文中認為，創新研發核心區只要37.84公頃，全案是著眼在旁邊700公頃的沙崙農場，政府是將農地變成科學園區、學校後，再以公共利益名目，推動特定區計畫，藉此變成「開發金雞母」，並以大埔區段徵收案為例相比較。
土地屬高鐵局與台糖 未與民爭地
台南市政府反斥，綠能科學城位在台南高鐵站東南側，屬於早在民國91年開闢完成的高鐵「產業特定區」內，因為特定區在高鐵通車後10年來大多處於閒置狀態，住宅區、商業區與產業專用區土地也多屬高鐵局與台糖所有，沒有與民爭地問題，且開闢的確是為了帶動產業發展，與大埔案強徵民地，差異何以道里計！
高鐵「產業特定區」自92年開發完成，高鐵95年通車，台南市府表示，目前除了少數住宅使用外，其餘廣達200多公頃的已開發地區（住宅，商業及產業專用區）是閒置狀態，目前通過的綠能科技城是使用其中的產業專用區，預計進駐研發人員超過3000人，中研院南院也是使用產業專用區，進駐人員估計約2000人，為提供研發人員生活機能需要，使用目前台糖與高鐵局所有的閒置住宅區，讓研發人員能安心居住，並且要求住宅要朝智慧節能宅設計，如此才能讓研發成果有好的示範場域，完全沒有使用東側950公頃的沙崙農場，但〈沙崙綠能科學城重點是「造城」不是綠能〉卻將兩個區域混為一談。
沙崙農場規劃國際影城基地 仍需評估
朱淑娟文中提及面積950公頃的沙崙農場，台南市府說，因為沙崙農場屬砂質土壤，嚴重缺乏灌溉水源，幾十年來屬台糖的甘蔗產區，甘蔗停產後，部分土地分別提供造林與出租耕作鳳梨、西瓜等作物。因為導演李安於2013年參觀過場地，認為農場視野遼闊，無大型建築物阻擋，氣候晴朗少雨，非常適合發展國際級大型片廠，於今年向行政院長林全提出建議，林全指示文化部進行初步規畫與評估，建議所需土地約200公頃，將來與特定區間仍維持約750公頃的農業緩衝地帶。
對於沙崙農場規劃為國際影城基地，台南市政府表示，這需要經過政策企劃、環境調查、規劃、環境影響評估等作業才有可能進一步開發，周圍更不會有外界所提及還要把農業區開發為住宅區的情形。台南市政府對外界關心重大政策表示感謝，但評論及討論應該秉於事實。
