檔管局版的《政治檔案法》草案，第1條定義政治檔案，包括政府機關、私人或民間團體所保管、自1945年8月15日起至1992年11月6日止，有關228事件、動員戡亂體制或因觸犯內亂罪、外患罪、《懲治叛亂條例》或《戡亂時期檢肅匪諜條例》涉及鎮壓、調查、追訴、通緝或執行的檔案。
台灣史學者薛化元指出，「第3條就有商榷的必要」，如果檔案開放是為了轉型正義的需要，該條文對政治檔案的定義可能太狹隘。舉例來說，近期在模擬憲法法庭討論的杜孝生案，就因他以貪污案定罪，而不在該條文定義內，此外，台大哲學系事件、香蕉大王吳振瑞的金碗案、黑名單、以及其他並非根據前述法條被審判者，出獄後仍繼續被監視的受害者等等，也都不在草案政治檔案定義內，「這些重要案子怎麼都不適用？」
根據檔管局版本，檔管局審定政府機關或民間保有的檔案時，有必要可邀學者專家審定。薛化元對此表示，「除非不處理未依據前述法律審判的案件，否則光是界定是不是政治檔案就要許多時間，要派多少人力來做？要怎麼在2年要完成轉型正義？」
薛化元表示，政治檔案的定義，本身就很不容易，他建議把1992年以前的檔案做「整體特殊性的處理」，「不然怎麼定義都會漏掉的」。
陳嘉君：政治檔案法限制較檔案法更多
施明德文化基金會董事長陳嘉君則完全反對另立《政治檔案法》。她指出，檔管局長期以違反《檔案法》精神的施行細則，對檔案的開放做出限制，「明明有《檔案法》，卻說政治檔案無法開放的問題在於沒有法源，我不能理解。」
陳嘉君指出，怎樣定義檔案是不是政治檔案，是很大的問題，該草案的第1條對政治事件做出遭鎮壓、調查等等定義，「可是白色恐怖不止這些！」她指出，《政治檔案法》對檔案的開放應用，比《檔案法》的限制更多，「以後，不想給別人看的，就都挪到《政治檔案法》就好了。」
薛化元：徵集檔案將成檔案浩劫 造成保存不完全
經檔管局徵集的檔案可得到較好的保存與管理。陳海雄說，檔管局收到各機關移轉的檔案後，會先修復檔案、調整不一致的目錄著錄方式、再將目錄公開於檔管局的網站供外界查詢。不過檔管局的實際作法，仍受到許多批評。
薛化元指出，檔管局徵集檔案也可能造成「檔案流失」的問題，各機關清查過相關的檔案，經過解密檢討，除了檔管局審定為國家檔案的部分移轉至檔管局，剩下的，若各機關不要，過了保留期限，就可銷毀，過去就有一批外交部檔案，「幸好國史館要，不然就銷毀了」；此外，檔管局因庫房空間有限，不以全卷全宗的方式徵集檔案，「可能一個卷宗只抽走一部份」，其他都不要，造成檔案保存不完全，「最怕就是這樣。」
