二○一○年時任疾管局局長（現為疾管署）、目前為陽明大學校長的郭旭崧，任內設立財務獨立、專款專用的國家疫苗基金。
當年郭旭崧希望民間善款共同投入，而基金形式因為「功能較多」而出線，自此疾管署就以疫苗基金的方式執行國家疫苗政策。
財源因為多元而變得不穩定
雖然當年是以財務「多元穩定」為考量而選擇設立基金的模式，但十年運作下來，郭旭崧坦言，「跟當初想的差了一段距離」，尤其是「穩定的財源」這點實際上並不理想。
疫苗基金財源雖然較多元，卻也因為多元而變得不穩定。
但郭旭崧也強調，這個問題不是台灣獨有，證諸採取特別基金模式來打疫苗的各個國家，會發現其實很多國家也都發生「衛生部長不夠powerful」，爭取疫苗基金財源「不夠力」的困境。
由於捐錢給疫苗基金不能指定用途，所以財團似乎反而比較喜歡捐贈特定疫苗。台塑集團的王詹樣基金會從○七年起，開始捐贈舊款二十三價多醣體長者肺炎鏈球菌疫苗，給全台七十五歲以上老人接種，到一七年累計已捐贈約一一二萬劑。
而在房地產界有「地王」之稱的寶佳建設，旗下的寶佳基金會也依照相同模式，自一七年七月起購買Ａ肝疫苗捐贈給疾管署，提供一歲以上幼兒施打，預計十年內捐贈四百萬劑。
但王詹樣基金會所捐贈的最後一批肺鏈疫苗於一八年九月交貨後，台塑集團自同年年底就改以現金方式捐贈疫苗基金一八○二萬元，後續老人肺鏈疫苗的採購及供應改由疾病管制署自行處理。對於改捐現金一事箇中原委，台塑集團只低調表示：「一切配合衛福部政策。」
疾管署署長直言「收現金更好」
疾管署以前收疫苗，現在改收現金，疾管署署長周志浩直言「收現金更好」、有助支付給醫療院所的注射處置費。但以目前疫苗基金每年動輒三十六億元的支出規模計算，王詹樣基金會一年一八○二萬元的善款也只占○．五％比重，連塞牙縫都不夠。
而且王詹樣基金會都是到了會計年底，才通知疾管署該年捐贈的大概金額，周志浩坦言：「我們今年還沒收到通知。」疫苗基金的財源不穩定由此可見一斑。
此外，成人肺炎鏈球菌疫苗市價約一千元，但以王詹樣及長庚的採購議價能力，業界估計去年起改捐現金之後，推算捐贈規模應有縮減，疾管署拿著一八○二萬元肯定買不到同樣數量的肺鏈疫苗，對已經捉襟見肘的疫苗基金而言更是雪上加霜。
攤開明年疫苗基金預算表，三十．九七億元的基金財源中，高達二十．三三億元是來自菸品健康捐，這是最大來源，比率高達三分之二。也是美國耶魯大學衛生政策博士的郭旭崧對此就「很有意見」，他認為拿菸捐的錢來打疫苗變成鼓勵抽菸。
一七年在立院答詢時，曾公開承認自己吸菸的陳時中則表示：「新台幣上面沒有寫名字。」菸捐也是國家的錢，拿來買疫苗也算是有意義的用途。他強調根據世衛組織（ＷＨＯ）提出的菸草控制框架公約建議，菸稅加菸捐應「至少七○％」才是有效控菸標準，目前國內菸稅加菸捐約為五五％而已，其實還有調高的空間。
當菸捐遇上選舉大敗
但證諸過去菸價「動搖國本」的經驗，一七年六月增加菸稅從十元變成三十元，一八年底民進黨縣市長選舉大敗後，竟傳出地方民代施壓「降菸稅、救選票」，蔡英文回應時還講出「平價菸」引發爭議。更何況陳時中漲菸捐買疫苗的建議，也無助於疫苗基金財源多元化。
