農會依據《農會法》行事，農會系統則繼承自日據時期的農民合作協同組合，東亞地區的日本、韓國，以及臺灣，都設有農會組織，提供農民服務。
以日本為例，日本全農（JA）相當於「中華民國農會」（簡稱全國農會，由過去的臺灣省農會改制升格而成），日本的縣農會則與臺灣的各縣市農會相當。臺灣目前歷史最悠久的農會是新北市三峽區農會，成立於日據時代西元一九○○年（明治三十三年）九月的「臺北三角湧組合」。
農會主要的任務是服務農民，依《農會法》規範，主要工作為推廣、供銷、信用、保險等四大功能。
農會的領導階層為理事會、監事會，理事長對外代表農會，監事會則選舉出常務監事；至於日常的會務治理工作，則由總幹事負責。由於臺灣各地農會生態不同，一般來說北部地區多由理事長掌權，中南部地區則為總幹事為首。在農會選舉的制度設計上，理事長為間接選舉產生，由理事之間互選理事長，且其為無給職；總幹事屬聘任人員，由理事長提名到理事會通過後任命。
過去農會與地方派系關係密切，農會員工也多與此有關；如今制度化之後，農會員工多以統一招考分發之。即使農會員工招考晉任制度化之後，各級農、漁會的權力掌握者仍對地方派系有運籌帷幄的實質影響力。
農會龍頭「理事長」的位置有多重要？一般民眾對此了解的不多，但可能偶爾會在社會版新聞看到「農會理事長涉嫌賄選遭羈押」的新聞；這個情況，在國民黨一黨獨大，農會作為國民黨組織系統底下的一個「組織運作」的年代，尤為明顯。
間接選舉制度往往贏者全拿，這也是農會理、監事選舉時，往往形成不同派系間廝殺的原因，進而遭地方派系或特定人士的操控壟斷。農會理監事選舉的「綁樁」花費極大，花招也極多，除了經費要充足之外，沒有一定地方實力者也甚難擺平其他勢力的競逐，當然這些都是地方派系的強項；魚幫水、水幫魚之下，農會很難脫離地方派系的勢力範圍。
之前提到了陪同許信良出席的幾位關鍵人士，包括當時的臺灣省農會理事長古源俊、曾任中華民國養豬協會理事長的雲林縣農會理事長謝永輝、在國民黨智庫任職的農民詩人詹澈等人，都是二○○四年之前農業界檯面上的要角。
從宋楚瑜任臺灣省長時期的臺灣省農會理事長簡金卿，到李登輝凍省、民進黨執政後的臺灣省農會理事長古源俊，都是有爭議性的人物。簡金卿一九九六年曾任國民黨不分區立委，同一年順利連任臺灣省農會理事長，不過卻在一九九八年九月八日因案停職，最後由省農會理事、曾任彰化二林農會理事長的洪允闊代理。洪允闊代理期間，聘任二林農會總幹事謝國雇出任臺灣省農會總幹事，謝國雇後來轉任臺北農產運銷公司副總經理、升任總經理一職，也是經常往來兩岸從事農業交流的活躍人物。
