一、獨派意識進入執政體制
近來蔡英文總統在幾項重要人事任命 上，一般以為已深受綠營基本教義派掣肘，包括許多獨派大老及學者分別擔任總統府資政、司法院大法官、海基會董事長的任命案。普遍性的解讀是蔡英文總統已向深綠靠攏 ，擁抱基本教義派，這恐將危及兩岸關係和平穩定。尤其蔡英文民意支持度及滿意度跌至五成以下 ，顯示無法抵抗深綠政治勢力其抗壓性已崩盤，兩岸政策正逐漸偏離中間路線。
但也有一種解讀認為是蔡英文兩岸政策根本不需要受深綠政治力量所綁架，因本身就是具備深綠台獨意識，曾擘畫主張「兩國論」、反對接受「九二共識」。觀察蔡總統執政後，有關教育、文化及歷史部門的主事者皆是獨派人士，尤其推動歷史課綱等一系列去中國化的政策作為，足以顯示蔡總統本身就是台獨主張者，受限於兩岸結構因素為隱性台獨。
儘管總統府說明資政遴選標準是具社會聲望、有代表性的人物，然外界批判近半數是重量級獨派人士，頗有安撫獨派人士的意義。資政中有人在國慶大典不唱國歌、不起立向國父孫中山遺像鞠躬，也有人明確主張台灣獨立，並不認同中華民國存在。這樣獨化的結構組成是否有利於推動台灣獨立的體制變革，綁架維持兩岸現狀、正式中華民國存在事實 ，頗令人生疑。
同時，外界對大法官人事同意案也是充滿疑慮，認為這可能將台灣推向不可測險境，甚至認為這將改變兩岸現狀，蔡英文政府可能會以釋憲方式進行「法理獨立」。尤其司法院長被提名人許宗力教授在立法院行使同意權的審查時宣稱，兩岸關係類似於東西德「特殊的國與國關係」，認為中華民國主權不及於中國大陸。此外，令人跌破眼鏡地難以預測，蔡政府任用扁政府時期前外交部長田弘茂，出任海基會董事長一職。
二、不同人事佈局模式選擇的政治意涵
在此，我們以海基會董事長任命作為分析的對象，在不同人事任命模式上所呈現的政治意涵。蔡英文在海基會董事長人事任命上，有幾種選擇佈局會導致不同結果。
第一種選擇是蔡英文接受「九二共識」維持兩岸和平穩定關係，海基會董事長不管是來自藍營或綠營、社會賢達人士，儘管門面的裝飾性效果不同，但基本上能啟動兩岸溝通協商機制與交流。從外交部長李大維、陸委會主委張小月任用，若海基會再找藍營背景出任，這將是民進黨最大善意與誠意。這顯示在「九二共識」與人事佈局 上，蔡英文確實要建立跨越黨派「低政黨化」的兩岸政策共識。
第二種選擇是既不承認也不否認「九二共識」，而在海基會董事長人事任用上以藍營人士為主 ，這些人士既往政治主張認同「九二共識」，可以經由授權方式接受「九二共識」或以雙方函電告知對方願意在此共同政治基礎上展開溝通協商交流。顯然，這種模式前立法院長王金平、親民黨宋楚瑜主席是相當合適人選，這除了彰顯兩岸政策超越黨派外，也可能裂解藍營陣線。但由於蔡總統未公開承認「九二共識」，大陸當局認為這是一份未完成答卷，預估王宋兩人實質作用及影響將被框限。
