美國讓被視為支持台獨的李登輝到訪，中國認為是美方靠攏台灣、支持台獨。中國國家主席江澤民說批評美國明目張膽地製造"兩個中國"、"一中一台"，嚴重損害中國主權，也損害中美關係的基礎。
中國多次進行飛彈發射及軍事演習，試圖影響選舉結果。柯林頓派出艦隊到台海巡航，向北京發出警告。
台海危機是美台斷交後，最嚴重的兩岸危機。由於台海危機中，中國顯示出有可能以武力收回台灣。柯林頓在兩年後亦向中國承諾"新三不政策"：美國不支持台獨；美國不會支持"兩個中國"、或"一中一台"的政策；美國亦不會支持台灣以國家名義加入國際機構。
2002年：陳水扁的"一邊一國"論和"烽火外交"
陳水扁2003年出訪巴拿馬，途經美國紐約接受國際人權聯盟頒發人權獎並發表演說。中國官媒《環球時報》批評獲獎是「錢買來的」，稱陳水扁在美國沒有獲得預期中的接待規格
2002年8月，總統陳水扁用視訊方式在於日本舉行的世界台灣同鄉聯合會致詞，公開表示："台灣跟對岸中國一邊一國。"陳水扁"一邊一國"和"公民投票主張台灣前途"的論調，被視為支持台灣實質獨立的清晰表態。
美方事前不知道陳水扁的談話內容，聞訊後感到"驚訝"，第一時間僅再重申美國"一個中國"政策不會改變。
現任台灣總統蔡英文當時擔任行政院大陸委員會主任委員，她隨即銜命赴美＂說明＂。蔡英文在美國"模糊"的說法日後使她被視為台灣獨立政策的溫和派。
中國稱"一邊一國"的說法是對包含台灣人民在內的中國人民以及國際社會的"公然挑釁"。
2003年中國全國政協主席賈慶林透露，在於曼谷舉行的APEC會議上，中國國家主席胡錦濤與美國總統布希會面時，布希稱陳水扁為"麻煩製造者"，但隨後美國官員澄清布什並無此說法。
2006年陳水扁出訪哥斯達黎加與總統阿里亞斯‧桑切斯會面。去程飛行30多小時，飛經阿布達比、荷蘭抵達首個出訪國巴拉圭
自2002年開始，陳水扁政府為了突破中國在國際社會上的打壓及圍堵，採取"烽火外交"的外交政策，積極出訪中南美洲邦交國，並爭取以"台灣"名義加入國際組織。
期間最受矚目的事件是2006年陳水扁被反對者戲稱為"迷航之旅"的巴拉圭和哥斯達黎加外訪，總統專機起飛時，還未能確定"第一站"為何地。
台灣外交部表示，不滿美國未能安排在陳水扁美國本土主要城市過境，因此不接受過境阿拉斯加的安排。但也明白美國受到來自中國的壓力。
2016年："六項保證"首度訴諸文字
在新任總統蔡英文就職前夕的5月16日，美國眾議院重申《台灣關係法》和 "六項保證"是美台關係重要基石，這是"六項保證"首度被寫成書面成為國會通過的提案。
中國外交部在例行記者會上表示，台灣事務屬於中國內政，反對美國干預。
