教育部12月2日發函給各中小學「採購教師教學所需道具之原則」公文，內文說明提到「依據中華民國憲法，目前我國首都應為南京」，引發各界質疑。教育部國民及學前教育署國中小及學前教育組長邱乾國回應，現行憲法未明確提到首都是南京，但他強調，將台北註記為「中央政府所在地」是較合適的寫法。
邱乾國解釋，1997年教育部開會討論社會科教科書編審原則，決定不觸碰中華民國首都的問題。須於地圖標註時，則將首都標示符號標在台北，再以文字說明為「中央政府所在地」。邱乾國認為，公文中提及「南京」的部分過於簡略，沒有完整陳述，對此表示「抱歉和遺憾」，願負行政處分。
親民黨立委陳怡潔批評，以南京為首都的說法，僅出現在1931年的《訓政時期約法》。目前我國憲法雖未明定首都，但依國際慣例，我國主權實際行政範圍為台澎金馬與東沙南沙，「台北市就是中華民國的首都」。她諷刺教育部官員，乾脆明年元旦去南京升旗。
實際上，目前在我國憲法與各項法律中，的確沒有明定哪個城市為「首都」，對於首都的選定與遷移，也沒有任何法律規範可言。
1991年《動員戡亂時期臨時條款》廢除之前，台北經常被視作「臨時首都」或「戰時首都」，中學地理教科書「南京是首都」的說法也維持了數十年。2004年《水陸地圖審查條例》廢止，開放地圖「民間出版，不加審查」，才逐漸如實反映數十年來兩岸分立的事實。
邱乾國在接受媒體訪問時，還會引述「民國16年、35年訓政時期的官方文件」，某種程度意味著，即便近20年來隨著兩岸交流頻繁、本土意識抬頭，「台北是中華民國首都」成為大部分民眾共識，但法律定位仍付之闕如。「中央政府所在地」到底是否等同於「首都」？這種「想像的差異」未來勢必會再發生。
