繼花蓮檢出首例H5N6高感染性禽流感病毒後，台南、嘉義、雲林地區也紛紛傳出雞鴨鵝大量暴斃案例， H5N6疫情明顯增溫。由於西部是台灣主要禽畜養殖區域，且城市環境較密集，人類和動物接觸多，病毒就容易產生變異，一旦爆發不僅對該產業造成嚴重衝擊，該病毒變異複雜快速，也可能存在由禽傳人轉為人傳人的風險（中國已出現16起傳人案例造成11人死亡）後果不容小覷。防疫需料敵從寬禦敵從嚴，為此政府相關部門必須全體總動員，立即召開專家會議並組成蔡政府最常掛在嘴邊的最佳禽流感防疫國家隊，研商後續因應措施包括：徹底推動良好的生物安保措施（如確保禽肉產品煮熟後食用，將所有畜禽與人類和生活區分開等等）將損害降至最低。
在鄰近國家如中國、南韓、日本相繼傳出重大的禽流感疫情養禽產業遭到重創時，國內主管部門並沒有針對國內養禽特別是戶外養殖環境進行全面偵防，也沒有派人前往日韓疫區實地了解現況（包括病毒型態、傳染來源暨途徑、死亡率、疫情嚴重程度等）以及各國處理方式（如撲殺、補償、後續處理等），俾掌握第一手資料作為國內防疫重要參考與借鏡，也可作為國內相關產品外銷的重要參考，而不是只被動閱讀相關報導，致喪失「禦敵於境外」的先機，明顯缺乏主管機關應有的敏感度，甚至在首隻檢出H5N6的禽類還搞了指鴨為鵝的大烏龍，這樣的專業備受外界批評，也讓民眾（包括消費者）對政府防疫部門失去信心。若政府不能記取教訓全力整合所有可用資源並開放病毒資料，讓真正的學者專家參與以及獲得民間資源積極配合，屆時不僅造成農業重大損失，恐連國人健康都會受到威脅。
政府相關部門在碰到人類感染的疫情時的態度相當積極，但是在碰到動物相關疫情時，農政主關機關態度則顯得消極保守，所持的理由多為希望不要造成民眾恐慌以免影響到生產者的生計。這樣的考量無可厚非，重要的是雖然未立即公開疫情但私下必須展開全面性的防範措施並擬妥各項因應配套措施，做好充分準備後再向民眾說明，一來可顧及生產者的生計，二來也維護消費者的知情權。問題是農政機關往往只做前半套，抱著多一事不如少一事的敷衍心態，也不願邀集具專業背景的學者專家共同來研商擬定應變措施並進行必要的科學研究，掌握最新的國際疫情研究動態；一旦紙包不住火，陸續傳出疫情後則以係屬個案，對人體感染機率非常低，尚無人傳人案例，只被動地針對感染禽類進行銷毀以及後續管控，對外粉飾太平企圖安撫民心也保官位，反而讓問題變的一發不可收拾，國內這些年在處理禽流感的疫情就犯了這樣的錯誤，若不即時改正，台灣將長期壟罩在禽流感病毒威脅的陰影中，家禽產業要如何永續呢？
520過後兩岸關係雖進入冷凍期，但人員、貨物往來仍屬頻繁，讓病毒傳播更為快速。為有效掌控流感疫情，維護國人健康，兩岸疫情通報系統仍然應該維持正常運作並積極進行疫病的相關科學研究交流，若回到過去中國疫區貨品（包括活禽、活海鮮）等走私猖獗的情況，將會讓台灣吃緊的防疫人力雪上加霜。防疫沒有國界也不分藍綠，是該拋開意識形態的時刻了！
