行政院院會今（6）日由衛福部報告「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心因應作為」，針對武漢台商會安排返台包機，有「確診病例矇混上機」，行政院長蘇貞昌嚴厲批評，包機事件「完全走樣，下不為例」，未來若有類似包機，必須由「政府對政府磋商，至少是海基會對海協會磋商，不許任何中間人居間處理招搖邀功」，衛福部長陳時中表示，所有旅客返台所填寫之「健康聲明書」，有一項是否服藥的勾選選項，該名矇混上機之台商，「若沒有勾選，變成漏網之魚，就會嚴懲。」
由台商徐正文居中協調的武漢台商返台包機，4日晚上返抵國門，返國後旋即發現一名確診案例，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中並且為此留下眼淚，由於本次武漢台商包機，係由國民黨7人小組在內的「多元管道」促成，返台名單並未在陸委會掌握之中，在該名確診旅客，未在先前規劃名單，登機以前並且疑似服用退燒藥規避檢疫，「陰謀論」再度甚囂塵上，陸委會內部甚至透過特定媒體放話，強調247名乘客當中，有「中國籍」配偶登機，不符合第一批返台旅客，必須為「老弱婦孺」的要求。
蘇揆包機4原則：弱勢優先、檢疫優先、確認名單、政府對政府協商
行政院發言人Kolas Yotaka轉述，蘇貞昌院長今天在行政院院會，以非常嚴厲口吻表示，武漢包機事件，「整體事件完全走樣，下不為例」，接下來若還有台商包機，蘇揆做出四點要求。
首先，必須「弱勢優先」，返台乘客必須為國人海外臨時出差，或長期用藥或年長、年幼者優先；第二，「檢疫優先」，這次返台台商，「有確診病例被矇混上機」，儘管台灣醫療體系對於疑似確診案例，有能力處理，但確診案例搭上包機，「但我們認為，其他機上乘客的安全也非常重要」，未來包機乘客，登機前必須上機檢疫。
第三，包機返台前，必須優先提供完整乘客名單，供我方確認，不能再像這次包機，在飛機關機艙以前，才提供名單。
第四，未來兩岸包機必須政府對政府磋商，至少是海基會對海協會，不許任何中間人，居間處理、招搖邀功。
確症台商若未勾是否服藥，未來將嚴懲
相對於蘇揆嚴厲抨擊該名確診案例「矇混上機」，陳時中語氣則相對和緩，對於媒體詢問，該名確診台商登機，是否係中國當局刻意隱瞞，陳回答，「我不做這樣惡意解讀，但中國醫療水準的確值得商榷，台商包機除一名確診案例外，另外二名隔離檢疫旅客，目前已確診為陰性。」
陸委會法政處處長蔡志儒表示，對於外界所關切，目前被困在湖北地區的血友病等特殊案例，陸委會過去一段時間，不斷跟相關部門協調，由家屬領藥後緊急處理，「這一位特殊病例，陸委會先前有把台商包機第一波乘客名單，提供給陸方，但後來相關名單確實沒有落實，陸委會方面目前與該名特殊案例有保持聯繫，希望在最短時間內協助安排。」
