武漢肺炎疫情下，為運送滯留武漢的台灣民眾回台，卻出現首架包機乘客名單與我方提出落差情況。因而暫緩第2架包機成行。大陸國台辦發言人馬曉光6日晚間表示，「後續運送安排，不斷受到台灣當局阻撓」，我國陸委會嚴正澄清，表示並非事實，也對陸方再次片面傳達無助於雙方溝通合作的有關言論，表達遺憾。陸委會重申，後續接返作業，須提升防檢疫工作的確實度、優先接返人道弱勢對象、考量我方隔離收容場所能量，經雙方溝通商定，才能有效推動下次的接返作業。
陸委會7日上午新聞稿表示，在首批接返人員於2月3日返台後，出現3位發燒、1位確診的情形，產生防疫破口，足見陸方宣稱的防疫作為並未落實，也造成同機人員交叉感染風險，倘因此增加更多感染者，其嚴重後果不堪想像，明顯不符合雙方商定防疫為先之共識。
「對方未體現人道優先原則！」陸委會：草率處理恐釀防疫危機
陸委會稱，滯留人員接返作業的確存在防疫風險，須採最高安全規格防護作為以妥慎執行，需要雙方加強相關準備與協調合作。「如果用已提交多少人的名單、必須於幾日之內運送完畢，這樣急就章、草率的處理方式，勢必造成疫情傳播風險遽增，形成雙方防疫上的莫大危機。」
陸委會也提到，我方早先已告知對方，須以於武漢短暫出差者、有慢性病患者、有長期特殊用藥與密切醫療照顧需要者（如血友病等重大傷病），或老人、小孩等抵抗力較弱者為優先，也已提交相關名單，但在首架包機上，上述對象多數多未在列，未能真正體現人道優先原則。
陸委會重申，雙方應以負責審慎態度進行溝通合作，讓滯留人員能有序、平安返台。「兩岸關係特殊，希望陸方能夠放下政治思考，儘速回歸人道立場，落實防疫管控風險，讓滯留人員可以順利早日回台。」
