武漢肺炎疫情延燒，連帶也碰觸到兩岸敏感神經，先是武漢返台包機傳出一名確診案例，引發軒然大波，上機名單又牽扯到是否排除無台籍的陸配及其子女，引起眾多爭議。根據《中評社》報導，陸委會前副主委、政治大學經濟系教授林祖嘉受訪時指出，若兩岸關係撕破臉，對雙方都沒有好處，呼籲大家對待深陷武漢肺炎的中國應「多從人道的角度來看」。
林祖嘉認為，目前兩岸對立的氣氛真的很不好，例如近日陸委會宣布僅開放具有中華民國國籍的國民返台，排除了未獲取國籍的陸配及子女，「這不人道作法使得兩邊人產生對立，後面會產生什麼樣狀況，就很難想像，政府實在不應該這樣處理」。
林祖嘉提到，像是武漢返台的確診案例，他認為以台灣醫療能力來說，「多幾個確診並非不能處理」，或是禁止口罩出口，「對台灣來說，捐給大陸一點口罩也沒什麼太大問題吧？」他認為不必要為此打壞兩岸關係，如此對兩岸都不好。
林祖嘉也以鑽石公主號為例，表示公主號上有20幾位台灣人，就要想辦法趕快接回來，而台灣也應多從人道的教度來看，台灣醫療能量比中國大陸好很多，「想想看武漢那些人如果是你自己的親人，是不是很希望把他們趕快接回來？」他認為，台灣至少現在沒有社區感染，不應該緊張成這樣。
「若關係持續惡化 不排除中國大陸可能中止ECFA合約」
至於在疫情過後，中國大陸是否會在經濟上會選擇對台灣出手？是否會影響到今年9月滿10年的海峽兩岸經濟合作架構協議（ECFA）？林祖嘉認為，還是要看兩岸如何發展，按世界貿易組織（WTO）規定，雖無10年到期問題，但ECFA第16條有講到中止條款，所以萬一兩岸關係不好，某一方說要跟對方協商中止，那根據規定，一個月內必須談，如對方不談的話，那半年後會自動中止，所以其實還是有可能被中止。
林祖嘉表示，台灣有539項產品出口到大陸免稅，是大陸兩倍，每年約省下200億；大陸又占台灣出口41%，如果關稅重啟對台灣出口傷害很大。他指出，兩岸貿易對雙方都有好處，如果不是有特殊理由，兩岸沒有理由要切斷，「但如果撕破臉，那就很難講了」。
