就促轉會看到的監控資料，美麗島事件前後對林宅監控包括4個層面：線民、裝設監聽器、電話監聽、情治人員或協力者跟監等等，例如發生於美麗島大逮捕之前、1979年2月份的司法行政部調查報告，即出現林義雄在自家與陳婉真、陳菊等人的交談內容，這些對話都被呈到情治機關去；而在美麗島逮捕後針對施明德展開的「獵明專案」，張俊宏、姚嘉文、林義雄住宅也被列為優先監控對象，在當年12月13日有檔案指示兩日後具體分工、由憲兵司令部去裝設，這也顯示情治單位對林宅內部非常了解，否則無法在住所找到隱密處裝竊聽器。
「電話監聽是當時情治監聽基本款，確實我們也在檔案看到很多對林宅的監聽資料，直到案發當天都還在持續進行」尤伯祥說，就「防治陰謀份子政治暗流滋長計畫」、「1210專案後期治安特別措施」，情治系統也將受審政治犯家屬列為潛在陰謀份子、認為這些人可能與國際串連：「據以上資料，我們認為監控在案發當時確實存在，而且非常嚴密。」
撥雲專案「先射箭再畫靶」 刻意牽連澳洲學者家博
至於林宅血案發生後的調查「撥雲專案」，尤伯祥直言，這更是一個「先射箭再畫靶」的調查──當局雖然認定本案是「政治謀殺」，卻在沒有任何證據的情況下鎖定黨外人士或所謂「國際陰謀份子」，也因此鎖定澳州學者家博（J. Bruce Jacobs），查案4個多月更限制其出境：「他們完全放棄思考，去思考林宅被監控下能侵入的凶手，與當局有何關聯性……他們認為只有國家的敵人才會犯這種政治謀殺，國家不可能犯行，所以調查方向就把國家排除掉，只有黨外人士或『陰謀份子』、不能往國家查。」
關於不斷喊冤的澳州學者家博，尤伯祥指出，國安局監聽記錄顯示家博案發當天中午12點有打電話到林宅與被害雙胞胎聊了數分鐘，有監聽紀錄可以證明家博的辯解是實在的，至於當天指認家博的兩個林義雄鄰居、一個說11點、一個說12點看到家博按電鈴的，兩人證詞的錯誤性很高。然而，這段監聽紀錄在家博離境前沒被討論過，情治人員明知家博涉嫌不重，卻任由撥雲專案人員往家博身上查。
案發關鍵錄音帶被銷毀 促轉會列3種可能性
而在調查過程更嚴重的是，案發當天的關鍵錄音帶已被銷毀。尤伯祥表示，當天案發後有通從林宅撥打到金琴西餐廳的電話、一名男子以閩南語說要找「王春風先生」，餐廳廣播後沒人接聽，電話就被掛掉了，而這通電話錄下的聲音很可能就是行凶者的聲音，而在1980年2月29日撥雲專案小組成立當天也有被拿出來討論，當時刑事警察局長、警總副參謀長史友梅都認為是重要線索，也認為錄音帶應該保留、希望國安局能提供監聽錄音帶以供參考。
