阿里巴巴合夥人制度標榜“傳承使命、願景和價值觀，確保阿里創新不斷，組織更加完善，在未來的市場中更加靈活，更有競爭力”，相關信息不透明，其成員數量變化的輕率和隨意，難免讓人對這種美妙修辭不以為然。
馬雲的信用記錄無疑強化了公眾的憂慮情緒。2011年，沒有經過阿里巴巴董事會和股東大會的批准，馬雲把支付寶的股權從阿里巴巴集團轉出，釀成讓人震驚的「支付寶事件」。這個事件有災難性的的溢出效應，影響了當年很多VIE結構（可變利益實體）的國內公司在美國的上市通道，也讓很多已經在美國上市的中國概念股市值大幅度縮減，當時甚至被輿論稱為「馬雲折扣」。從此以後，馬雲的公眾形像開始崩塌，對阿里巴巴內部的道德感召力衰退，他被迫在多個場合為自己行為辯解，這個陰影依舊籠罩在阿里巴巴的上市進程中。
馬雲把合夥人制度描述的天花亂墜，但稍微有些商業常識的都可以看出合夥人制度所包含的巨大風險。這種合夥人制度意味著阿里巴巴管理層幾乎不受董事會約束，給管理層濫用職權和道德風險開啟了方便之門。
理論上，合夥人身份地位是平等的，需要根據票決來形成決策。但公司管理層是一種縱向權力分配結構，不同層級之間有明確的權責，下級對上級負責。目前阿里巴巴合夥人主要由公司高管構成，一旦高管離職，應該辭去合夥人身份。作為董事局主席和集團總裁的馬雲，理論上對高管職位有任免權，因此實際上馬雲也就擁有了對合夥人的任免權。這樣合夥人制度很容易蛻變為馬雲的一個橡皮圖章。阿里巴巴的管理架構意味著代表股東利益的董事會被虛置，而合夥人和高管幾乎是同一群人，他們按照兩種不同規則來對阿里巴巴的重大事務進行決策，不但使公司內部治理結構失去了必要的製衡，實際上也必然會形成規則和利益的衝突。
據說阿里巴巴合夥人制度的靈感來自古代羅馬的元老院。元老院的成員由貴族和那些功勳卓著的將士構成，和目前阿里巴巴合夥人主要由創始人和有貢獻的高管構成有相似之處。不過對比阿里巴巴的合夥人制度和古羅馬的元老院，我們發現，元老院的獨立性更強，其成員的來源更符合傳統規範。但古羅馬歷史演變表明，元老院內鬥不斷，並不是一個十分穩定的統治機構，對類似凱撒那樣戰功卓著的將軍，也缺乏約束力，無法避免獨裁統治的登場。可以想像目前阿里巴巴的合夥人制度，使得馬雲可以成為合夥人中的「國王」。
在諸多美妙修辭粉飾下的合夥人制度，意味著馬雲對阿里巴巴的絕對掌控權，意味著阿里巴巴管理層掌握著幾乎不受約束的公司治理權力。而從當前來看，阿里巴巴靚麗的業績似乎是對抗一切質疑和指責的盾牌，用業績“一俊遮百丑”的確有其震懾效果，也可以堵住軟銀和雅虎等早期投資人的嘴，但這種依靠績效來樹立權力合法性的方式，幾乎就是“發展是硬道理” 的企業版，這無疑是一種蠻橫的思維。在現代社會，無論是政治組織，還是商業組織，其治理結構的正當性都是建立在法理合法性之上，績效合法性是法理合法性的補充，而不是替代。
