經兩岸複雜折衝，由中方東方航空及我方華航執行的第二波包機，昨（10）日晚間和今（11）日凌晨載回361位滯留武漢台人及家屬。如同首波包機，總統蔡英文今日下午也在臉書發文，感謝雙方參與包機人物的所有執行人員。但蔡文中也坦言，「由於兩岸雙方對於防護標準的認知落差和不同作為，在實際執行的過程，都顯得一波三折。」
蔡英文在文中說明，「為了把滯留在湖北的國人和家屬順利接回，從前置協商、現場工作，一直到回台檢疫措施，由於兩岸雙方對於防護標準的認知落差和不同作為，在實際執行的過程，都顯得一波三折。儘管如此，最後搭乘東航的旅客，也都還是能配合指揮中心的規定，穿戴我方提供的防護裝備，讓這項任務終於能夠順利完成。」
不過，蔡英文也強調，「沒有政治考量，只有防疫考量，這是我們始終堅持的原則。溝通和堅持，都是為了國人的健康著想，即便很辛苦，也是必要的過程。就像指揮官陳時中說的，只要有心，再多困難我們也可以克服。健康沒有國界，把國人照顧好，才是政府最重要的工作。」
雖然略有波折，蔡英文仍對雙方參與者致謝，「我們也要感謝雙方參與這一次包機任務的所有執行人員，也感謝疫情指揮中心的調度與安排，尤其是華航機組員、跟隨班機前往武漢的4位醫師和9位護理師，以及在停機坪上執行任務的檢疫、醫護、消毒與海關人員。看著最後一位身著隔離衣的旅客住進檢疫所，任務終於完成，大家才好不容易鬆一口氣。」
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