例言之，該書之《建國志》即以南明及延平郡王為正朔，及鄭氏降清之後，才用大清紀年。《台灣通史》下止於光緒二十一年（1895年）馬關條約之簽訂。若再往下寫，恐招日人之不滿。該書歷時十餘年，凡六十萬言，以太史公《史記》體例為之，亦可見連橫對其「藏之名山傳諸後世」的決心。
不過，不管是當時還是後世，學人對此書亦多所批評。在1920年本書在台灣印行之後，台灣學界即對此有過多次爭議。比如，該書中的涉外關係部分，真實性有待商榷。批評者認為連橫不通外文，無法閱讀域外文獻，僅依靠漢文記載。但是按照林文月的說法，連橫學過俄語與日語。當今一些學者也認為，連橫並未受過現代學術訓練，是「文人著史」，非「史家著史」。李筱峰的批評顯然非常激烈，他直指此書「謬誤百出」。
這些批評都有些過於苛求。林氏所著的連雅堂傳，走的是「以詩證史」的路子，引用了大量連橫的詩作。從其詩作來看，連橫無疑是一個傳統文人。詩勝於文，文勝於史。其對於撰史的態度，並未如現代史家那般嚴謹。台灣學者黃富三就曾說過：「比如說引文不註明出處，你說那個時候，中國人寫東西哪有人會寫注一是什麼注二是什麼？」
但後世更多的爭議倒還不在該書，而是：連雅堂到底是一個什麼樣的人？
落拓江湖載酒行
連氏的詩作遺世不少。林著稱連橫在18歲前，就手抄《杜少陵全集》，開啟詩興。我們在他的詩作裡，也能看到他上襲少陵詩風，不論是內容還是風格，頗近少陵與放翁。這在不少詩句中能看出來。林著大體上是依據連橫的詩作，從中分析傳主的行為與心理活動。
連氏早年赴上海，入讀聖約翰大學。作者稱連氏時年「二十歲左右」，那麼入讀當在1897年。聖約翰是當時中國最好的大學，也是第一個被美國大學承認學分的大學。連橫入讀俄文，但又很快就輟學（葭案：熊月之編著之《聖約翰大學史》校友名單未有連氏之相關記載）。林著認為，連橫讀俄語的原因是，未來中國人需要跟俄國人打交道。輟學的原因是因為母親催促其返台完婚。
完婚後，連氏並未回滬繼續讀書，而是進入日本人新創立的《台澎日報》，任漢文部主筆。這家報紙不久後改組為《台南新報》。1902年，連氏還曾赴福建廈門捐得監生，然後參加福州鄉試。不過，林著中沒有提及納捐科舉之事。其子連震東後來解釋說，他去福州是借考試調養身體。
其實很難解釋為何連橫會參加清廷鄉試。從作者的敘述中看來，因為清廷割台，連氏對清廷之腐敗極為不滿。在我看來，連氏對台灣的認識當中，有一個始終無法自洽的矛盾：他一方面奉南明、延平郡王為正朔，不承認清廷統治台灣的合法性，在辛亥革命之後抨擊滿清宅夏竊國；一方面又極力讚揚以劉銘傳、丘逢甲為代表的清廷對台灣的經營。他說，對開拓台灣功勛最高的兩個人是陳永華和劉銘傳。後來他遊歷南京時，在天王府曾寫有「他年修國史，遺恨在湘軍」的句子，可見他對清廷之態度。
