日本《產經新聞》4月2日報導，台灣海洋研究調查船在未獲得日本同意的情形下，去年8度闖入釣魚台（日本稱尖閣諸島）周邊日本專屬經濟海域，報導更指出，闖入的次數為十年來最多的一年。對此，科技部表示，在我國的經濟海域做科研調查居然要向日方申請、報備，是一件很奇怪的事。
面對日方大篇幅報導指控，科技部回應，台日兩國經濟海域重疊，因此每次海研船出任務時都會確認調查海域是在我國劃設的暫時執法線內，而過去台灣因為研究而海研船須進入該海域時，日本多半配合，但近三年，日本態度卻有轉變，對於經濟海域主張越趨強勢外，還要求台灣需事先提出申請，經由日方許可後才可以進行研究作業，讓科技部大呼，在我國海域做科研調查卻要向日本報備，是一件很奇怪的事。
此外，科技部表示多次我國海研船才剛到定位，卻在還沒進行任何研究工作前，遭到日方巡視船妨礙調查與驅趕，而此情形越來越嚴重。也因此狀況的影響，近年海洋研究調查船出發執行任務時便會與海巡署保持聯繫，必要時由海巡署派船艦保護研究船。
科技部指出，海研船每季排定調查任務前，不止要審查計畫內容，還有行政規劃流程，知會相關部會並確定這項調查內容是在台灣的經濟海域執行，以避免可能的紛爭。
但是若要徹底解決紛爭，科技部說明目前研究方面並未像漁業協定一樣訂出明確界線，暫定執法線也不被日本承認，科技部認為此爭議仍需透過外交談判，將雙方的立場與條件說清楚，才能有效解決這一類的爭議。
對此，外交部回應，基於維繫台日友好關係考量，雙方去年召開第1屆台日海洋事務合作對話會議中，同意成立「海洋科學合作工作小組」，希望未來經工作小組協商機制，與日本方面就重疊海域的海洋科學調查活動，達成雙方都可接受的合理安排。
