另機場公司依據指揮中心及交通部政策，自3月4日起實施「居家檢疫者自機場返家交通方案」，防疫車隊方案成立之目的是禁止返國之居家檢疫者搭乘大眾運輸工具，避免若有感染擴大之情形時，不易追查接觸對象而設置。透過國門到家門，點對點的運輸服務，以實名制登記，方案自3月4日實施至3月10日為宣導期，11日正式上路後，違者將依「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」第15條處以新臺幣10萬元以上100萬元以下罰鍰。
外媒記者入境日期為3月7日尚屬宣導期間，報導中提及「進入檢疫關卡前沒有電話卡販賣處」，致使現場處理造成不便，疫情中心亦於3月19日下達入境旅客全面居家檢疫日起，於檢疫關卡前安排電信廠商販售sim卡，除鼓勵旅客線上填寫入境檢疫系統，亦可免除旅客未持有臺灣門號之困擾，減少疫調困難度，至3月25日已販售出1,358張，機場公司也持續與第一線防疫人員滾動檢討流程，目前入境旅客等待時間已下降至10-20分鐘。
為配合防疫車隊上路，駕駛投入營運前均簽署自願同意書，機場公司亦安排疾病管制署醫師針對現場服務人員及駕駛，實施教育訓練及衛教宣導，同時持續加強車輛及場域清消、強化駕駛自我防護意識，確保每位乘客乘車環境安全無虞；機場公司亦制定「防疫專車清消標準作業程序」供防疫車隊遵循，於駕駛出車前、乘客上車前、載運途中及乘客下車後都有相關清消標準作業。防疫車輛係以載客後現地清消為原則，惟部分駕駛於旅客下車現地並非皆適合清消作業（如市區巷弄臨停），會移至適合場域後再行作業，駕駛清消作業完成後，均會回報至所屬車隊，以資備查，且專車回程不得載客，以全開車窗為原則，保持車內外空氣流通，以避免可能之傳染。防疫車隊開辦至今，已追蹤出載過4名確診個案，第一線持續保持危機意識，上緊發條注重清潔消毒，不但保護司機也保護乘客，確保載運居家檢疫民眾順利返家。
國門第一線的健康與安全，需要旅客及機場各單位同心協力，共同防護，部分媒體或因片面觀察，非通盤瞭解我國防疫政策，對於機場防疫措施或難全面瞭解而有所誤會，機場公司甚表遺憾。防疫工作經緯萬端，不實資訊傳佈可能引發民眾恐慌，疫情當前，尚需各界共體時艱，共同努力，也歡迎外界一同討論各項防疫作為建議，持續守護國門，守護家園。
