武漢肺炎疫情升級，台灣繼續維持防疫指揮中心、總統府與行政院的鐵三角部署。行政院幕僚透露，以禁止非本國籍入境的決策為例，已屬於防疫的超前部署規畫，指揮中心決定啟動禁止外國人入境決策後，隨即與行政院、外交部、府院幕僚討論。
三月十八日當天早上指揮官陳時中進入總統府報告最終版本後，當天上午隨即開記者會宣布，「疫情一直在變化，每個決策都必須快又準，後續行動才能跟上。」
延後開學暫緩啟動最大群聚網絡
「陳時中是第一線作戰指揮官，行政院掌控整體防疫的大方向，從現實面做評估，同時也要協調好所有相關部會協助防疫的後勤跟物資。」另一位政院幕僚分析，整體防疫作戰的角色分工明確，前方帶兵打仗的是陳時中和第一線防疫人員，後方的行政體系就是負責補給。
譬如，討論寒假延長兩周，指揮中心就防疫角度提出延後開學意見，認為讓台灣社會最大型的群聚網絡先暫緩啟動，就能有效延緩社區傳播爆發的可能。
「全國學校延後開學，牽涉不只是教育部，還包括經濟部口罩生產量必須要在開學前補足各校戰備存量的相關配套等……。」政院幕僚指出，為完善這些配套方案，行政院除縱向聯繫還要橫向溝通，各處室分工協調後，再回報行政院長決策的可行性。
這些決策過程時間不能拖太久，必須在黃金七十二小時內完成，因為時間一拉長，疫情變化速度更快，不利於超前部署。最後考量「順時中」的社會氣氛，將延後開學兩周等重大決策，最後交由指揮中心發布。
提前因應中國口罩出貨量不足
口罩禁止出口的決策，在今年一月發布時曾引發社會兩端討論，藝人、名嘴當時對這項決策反彈極大，但政院幕僚受訪提到，農曆新年前，蘇貞昌就指示副院長陳其邁找部會盤點國內防疫用品。在一場防疫會議中提到，因為是類似ＳＡＲＳ的呼吸道疾病，研判一定會需要口罩，且需求必然大增。
加上各部會回報的國內生產與進出口數據明顯不足，特別是口罩進口大量仰賴中國，一旦中國因為疫情惡化停止出口，台灣勢必面臨口罩一罩難求的窘境。中國又是全世界最大口罩生產國，若出口量不足，一定會演變成各國搶貨，因此優先保障國內基本量是當時第一選擇。
幕僚透露，整個農曆春節都在處理「口罩自產」，他們除了請經濟部、財政部討論禁止出口、徵用口罩等法令，同步向蘇貞昌簡報，還請經濟部思考，增加國內口罩產能的方式，這也啟發了經濟部後來投資九十條生產線、每日增產九百萬片口罩國家隊的規畫。
口罩實名制更是從「口罩之亂」、「口罩地圖」後衍生出來的進化版。口罩限購一度只限定在超商販售，最後造成口罩之亂，再改由健保藥局來販售。實名制二．○最近又在超商捲土重來，幕僚指出，全國有超過一萬家超商門市，健保藥局有六千多家，光是據點量就有差距，對民眾要取貨的方便性較高。
