兩岸包機協商是透過「澳門模式」的民航小兩會，透過兩岸民航機關傳真文件方式進行溝通確認。台方政策決定是由英系人馬、行政院副院長陳其邁主持，召集陸委會、衛福部、交通部、內政部等相關部會以不定期開會方式決定包機事宜。
從這三批武漢包機的決策過程來看，從原本東航執飛到華航與東航共同執飛，再到華航兩架指定航班，台方以防疫優先為由，明顯拒絕東航於千里之外，也避開與北京過多交手，在台灣的鷹派聲量顯然高過鴿派。
此岸仇中情緒高漲，對岸也是瀰漫仇台氛圍。陳明通就證實，台灣政府二月初確實有準備一萬件防護服，希望讓東航第一批包機載運，協助中國大陸防疫，但東航當時以作業不及為由沒有收下。
對於中國民間仇台情緒，陳明通坦言：「不是好事，要努力降溫。」但關鍵是北京不願意面對中華民國存在，而且不放棄武力對台，這才是問題的本質。
許信良、洪奇昌籲降溫敵中情緒
國安會外圍組織亞太和平研究基金會試圖在兩岸間居中緩頰。該會董事長許信良、前海基會董事長洪奇昌日前皆表示，美國總統川普（Donald Trump）刺激中國稱為「中國病毒」，但後來不再使用，台灣既然希望參加國際組織，也應該尊重全球對於肺炎名稱的共識，不必要過度強調「武漢肺炎」。
武漢四月八日解封，兩岸針對第四批武漢包機談判還在僵持，鷹派、鴿派也在角力。疫情對兩岸關係日後發展有何影響？疫情過後兩岸分工與產業鏈重組情況又如何？這是台灣要思考的議題。
