另外，柯文哲繼續說，若蓋捷運，中央給錢，地方政府也要編列配合款，但有些縣市需要的配合款，早就超過該縣市的舉債上限，「我都很難想像中央給那麼多錢，將來配合款是不是還是要由中央來支給？」他說，關於財政紀律與自償性的計算，以及配合款的計算，目前看來這4200億是有問題的。
柯文哲:台灣需要5個捷運局嗎
最後，柯也提及數次與院長林全及交通部長賀陳旦討論組織的問題。他說，台北市的捷運局僅是一個派任機關，明年就要到期了，派任機關接下來要怎麼處理，已經跟交通部討論很多遍，卻一直沒有解決，他籲請全國民眾思考一個問題，現階段，台北市、新北市、桃園市、台中市、高雄市都有捷運工程局，「我們需要5個捷運工程局嗎？」
另外，在捷運的營運層面，台北捷運由北捷公司經營，機場捷運線由桃園捷運公司經營，輕軌線要新北的捷運公司經營，柯說，事實上，每一條的自償性計算都有點問題，南北環的中環線，北市跟新北市就有爭執，因為預計一開幕時，現金流量會是負的，虧損要誰負責？他說，「公共運輸未必要賺錢」，他同意，但若要補貼，大家要講清楚。
柯文哲說，今天這4200億丟下去，執行單位要是誰？每個縣市的捷運局去蓋的話，就發現很多問題，現在需要5個捷運工程局？未來需要幾個捷運公司來營運？
最後，他想提醒一件事，「捷運是迷思」，因為基隆建輕軌的時候，交通部有個基隆河谷的交通整合計畫，包括南港延伸線、汐止民生線、基隆輕軌、台鐵的右劃、北宜直鐵、國道幹線公車，這些都要統合處理，所以單單一條捷運輕軌，也不知道其他要如何處理，軌道運輸有時候是個迷思，因為交通是整體的，包括鐵路、公路等各式各樣的整合，應該要以北市過去發展30年的經驗提醒中央，他說，組織問題不解決的話，投資會重複投資，重複浪費。
