海軍磐石艦成為此次新冠肺炎（武漢肺炎）疫情以來，國軍出現的最大破口，部分輿論認為，敦睦艦隊之所以有人確診，是因國軍未能充分獲得口罩所致。國防部20日對此澄清，強調敦睦支隊出訪期間，國防部提供口罩3萬4550片、600套防護衣和酒精、消毒藥水等共8類物資，已完備支隊防疫部署及戰備所需。
國防部指出，有關國軍口罩撥補情形，考量疫情初期口罩產量有限，在共體時艱及有限資源獲撥下，優先提供防疫及戰備任務執行使用，對象包括「擁擠密閉空間作業人員」、「營門執行體溫量測之衛哨人員」、「衛勤部隊實際從事體溫量測、診療、救護及後送作業者」及「新兵」等4類人員，並依需求向中央流行疫情指揮中心（物資組）提出申請撥發，共約4萬7500人。
國防部：15日起全軍每人每日1片口罩
國防部進一步指出，在國內口罩產量增加後，於9日起，由行政院統籌指導，召集國防部及中央流行疫情指揮中心共同研討，在15日完備App申撥等技術問題後，後續全軍每人每日撥補1片，個人無需再自購口罩，並持續至疫情結束，以維國軍官兵健康、確保戰力完整。
軍方在這次磐石艦疫情爆發前，上周先經過1場屬於國軍內部的口罩之亂，其中有疑似支援口罩生產者上網質疑政府有口罩做外交，官兵自身卻拿不到，國防部先回應單日獲得配發的數量已來到4萬7500片，並供前述4類人員使用，然而全軍近20萬人，4萬餘片顯然不夠所有人使用，國防部再表示將協助官兵透過App線上購買，並派代表統一領取回來分送，希望能緩解官兵日常口罩需求。
隨著國防部作法公布，網上再有人傳部隊內已下令若有官兵抽查不會使用App，幹部將受懲處，反彈聲浪再起，國防部只能再跳出來回應，強調是以服務、協助官兵使用App為主，外傳情事與事實不符。至上周行政院與國防部開會研議後，終於拍板定案，口罩將循軍方補給系統配送至各營區，國軍官兵每人1天1片，以維護戰力及健康，堪稱軍版口罩之亂終於告一段落。
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