戴奧辛蛋的檢出讓全民人心惶惶，各地衛生局都著手追查問題流向，北市衛生局表示，有問題的蛋並沒有在台北市販售流通。而新竹縣政府衛生局也表示，新竹縣的雞蛋經檢驗結果都沒問題。但桃園市衛生局追查後發現，已有35家早餐小吃店使用問題蛋品。
由於桃園市轄內有立祥、永山兩家問題蛋行，22日時再度深入追查，前往蛋行下游廠商、早餐店。雖兩間蛋行已自主回收，但僅回收218.32公斤。大部分的戴奧辛蛋恐怕都已經被消費者吃下肚。
由於出問題的彰化王功蛋行，每週出貨120箱，相當於2400公斤的雞蛋給桃園市的立祥、永山蛋行。根據2家蛋行提供的出貨流向，衛生局已追查到35家業者，其中包含早餐店、小吃店、雜貨店等，在這2天內總計查封1139.97公斤。
新竹縣衛生局表示，衛福部抽驗全台雞蛋發現，苗栗縣一家蛋行戴奧辛含量超標，同而在同一個抽驗計畫中，新竹縣竹北仁義市場所販售的雞蛋，再抽檢結果中一切合格。
台北市衛生局也加入了追查的行列，21日消息爆發後，就立即清查各大通路，目前為止沒有發現業者使用問題來源蛋品。而台北市衛生局也表示，將會持續清查，若有問題雞蛋流入市面的消息會立刻公告。
