海軍敦睦艦隊爆出官兵群聚感染後，中央流行疫情指揮中心在本（4）月18日召開記者會，首度公布海軍染疫的訊息。據了解，總統蔡英文17日下午接到國防部長嚴德發的電話報告時，便得知此一情形並展開因應措施，執政團隊也火速進行一連串處理，設法解決新冠肺炎（武漢肺炎）疫情升溫的危機。
黨政人士指出，蔡英文當天知道後，一開始就先問國防部、指揮中心的「解決方案是什麼？」，同時也追問「為什麼有這種狀況？」希望行政部門盡快說明原委與後續因應作法。該人士指出，19日當天，蔡英文與行政院長蘇貞昌針對紓困議題進行討論，會議中也提到關於敦睦艦隊染疫案的處理方式，直到20日，執政團隊首度就此事正式進行開會研議，蔡英文也在22日舉辦敞廳談話，以三軍統帥身份對外表達立場並道歉。
據了解，執政團隊在內部會議中多次針對「事實」展開調查，經過統整後發現「回報不確實」、「聯檢不確實」為較大的2個問題點。關於後續處置方式，執政團隊為確保傳染風險降到最低，同時加速檢測，因此在事件曝光的最短時間內召回所有官兵，防止疫情進入社區。
敦睦艦隊出航後，艦隊5位醫官會在每日下午將官兵看診資訊通報給醫療召集人，該召集人彙整後再向敦睦艦隊支隊長報告，並由支隊長填寫安全回報表，每天拍2次電報彙整給艦指部。不過當時醫官替有症狀官兵看診時，因篩不出流感且經一般投藥後，病情有好轉跡象，因此便以專業評估向上回報為一般感冒，導致後續評估出現疏忽，並非刻意隱匿。另一缺失為聯檢小組14日登艦後，僅花費50分鐘就完成700人檢疫，還直接讓官兵下船，導致防疫出現破口。
據悉，蔡英文在一開始就指派行政院政務委員羅秉成全力協助此事，因為羅秉成除了有法律背景外，外交、國防相關事務也是他所督導的業務；而蘇貞昌也在23日的行政院會中宣布，將組成調查小組處理。國安會的部分則是由熟悉軍事背景的國安會副秘書長陳文政、國安會諮委郭臨伍負責應對此事。
行政院副院長陳其邁今（24）日早上也特別召集疫情指揮中心、國防部等單位開會，並對此案防疫進行總檢查，進一步檢討國防部染疫的情況、作為，討論後續防疫措施該如何精進。據悉，相關單位將在短期內尋找專家檢查防疫有無漏洞，並規劃於國防部內部進行系統性地檢討，討論如果未來又遇上傳染病疫情時期，國防部該有哪些措施應對，好比建置特殊傳染病小組、醫病中心單位等；此外，處理傳染流行病也將納入軍事上的緊急應變。
對於此次事件，黨政人士指出，無論如何就是要確保傳染風險降到最低，絕不能讓疫情進入社區，這兩件事才是最重要的。
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