執政高層說，從既有資料看，說軍方要蓄意「隱匿」實在不可能，不過軍方確實「不夠警覺」，以及聯合檢疫小組作業也真的「疏忽」。
熟悉國安決策人士指出，很多人想把決策責任上綱到蔡英文，不過通常總統只說Yes或No，不會進入細節，後續的附屬計畫應該是國安會要盯著。
但從指揮中心根本不知道敦睦艦出訪看來，不論是軍方或國安會，在通報上都難卸其責。
問題是，國安會不是沒派人參加中央疫情指揮中心會議，負責外交的國安會副秘書長蔡明彥、主理軍事的副秘書長陳文政、掌管國土安全的國安會諮詢委員郭臨伍、執事兩岸的國安會諮詢委員傅棟成都曾與會，但就是沒人提到敦睦艦出訪。
總統第一時間派出心腹陳其邁
抗疫至今，幾次「豬隊友」事件，陸配及其子女回台引發爭議的「小明的故事」，府院滅火時打臉陸委會，此決策跳過中央疫情指揮中心；是否對歐美旅客提前發出境外管制，專家會議已經示警，但外交體系一度有異見；這次敦睦艦染疫則是國防部出包。陳時中明顯管不到國防、外交、陸委會、國安會，國安體系似有必要在防疫這一塊上整好隊伍。
據了解，ＳＡＲＳ爆發時的抗煞總指揮李明亮，曾當面向蔡英文建議，是否應針對疫災設立專門的國安會諮詢委員。執政高層表示，其實目前每件事在相應位置上都有處理的人，不過，未來是否如李明亮建議，另設一個凌空控管、整備的位置，是可以考量的。
敦睦艦三人宣布確診前一天，四月十七日，府院就已知大事不妙。蔡英文當天即指派行政院副院長陳其邁，進駐左營海軍艦隊指揮部。
軍方的問題到底出在哪裡？陳其邁接受《新新聞》訪問時說，一是軍方內部的垂直通報，原有標準作業程序（ＳＯＰ）已不足以應付；此外，軍方與中央指揮中心的橫向聯繫也必須強化。
為了搶救軍方，四月二十四日，陳其邁找來國防部長嚴德發、軍醫局長陳建同、衛福部長陳時中等，召開跨部會會議。
疫情垂直與橫向通報都出問題
首先，陳其邁要求國防部在一周內，把各艦隊、雷達站、陸軍基地、砲兵營等的防疫工作指引全部檢查一次，找出制度上漏洞，不能再發生像這次海軍已出門，才問回來時該怎麼辦這種事。
陳其邁指出，其實軍方內部自己有一個疾管中心，可以串連三軍各級醫院直到部隊，他要求軍方回去整理工作指引，要讓最下層的部隊作戰單位，能確實下情上傳到軍方的疾管中心。
這次「下情沒辦法上達」，陳其邁表示，主要是軍方原來靠ＳＡＲＳ時建立的、依照「發燒」通報的ＳＯＰ已經不夠用了，因武漢肺炎輕症、無症狀很多，軍方該做的不只是「發燒」通報，而是「一般健康狀況」通報，可是軍方文化是一個口令、一個動作，既有的ＳＯＰ沒規定，就不會多做反應。
