總統蔡英文四月二十日聽取國防部長嚴德發報告磐石艦染疫事件後，由國安體系出手「止血」。據稱，府院與國防部已定調為此案為回報與聯檢不實，艦指部指揮官高嘉濱、敦睦艦隊支隊長陳道輝都會接受處分，而海軍司令劉志斌則說：「一定會負起最大責任。」
磐石艦染疫事件衝擊持續擴大，軍方說法數度急變，引發強烈質疑。
據稱，府院已完成「兵推」，由國防部定調為發燒回報與登艦聯檢不確實。軍方盛傳「禍不及劉志斌，辦不到黃曙光」，究責層級不會燒到小英這兩位愛將。
目前全案仍有疫情源頭、祕密任務、發燒回報與究責層級等四大疑點，有待後續釐清。
五一後解隔離將有吹哨人？
磐石艦官兵在四月十五日放假，十八日有三人確診武漢肺炎，截至四月二十八日，累計三十一人確診，近日確診數量已趨緩。只是官兵下船後，足跡幾遍及全台，加上五一連假將至，各縣市對防疫工作繃緊神經。
高層於四月二十一日定調，由艦指部指揮官高嘉濱、敦睦艦隊支隊長陳道輝與登艦聯檢小組扛責後，海軍士氣跌至谷底。不少官兵串連要發聲抗議，軍方則極力疏導，暫時壓下官兵抗議聲音。
目前敦睦艦隊七四四位隔離官兵，手機均受管制，無法任意對外聯繫或爆料。知情人士研判，在五月一日，官兵解除隔離回原建制單位前，須再七天自主健康管理，到時應會出現「吹哨人」大爆料。
至於採檢結果，中央疫情流行指揮中心指揮官陳時中稱，檢體送往三間實驗室，因結果差異性大，要由專家判讀需要時間。國民黨籍立委馬文君即質疑，連陳時中都無法確定，艦上醫官與支隊長要如何判斷？
醫官難以判斷的主因，在於艦隊出訪時，並未攜帶武漢肺炎篩檢試劑與設備。如果防疫視同作戰，等於部隊去打仗卻沒備妥彈藥，讓高階將領忍不住痛批：「這是草菅人命。」
離開帛琉後有兩段隱藏版航程？
磐石艦疫情第一項疑點是感染源頭到底從何而來。立法院外交及國防委員會在四月二十二日通過兩項附帶決議，要求國防部提供「副長朝令」、「航舶日誌」、「理事官紀錄簿」和「船位描跡紀錄」等四項文件，並成立調閱小組，以釐清感染源頭。
不過在二十七日確認議事錄時，民進黨立委發動復議，表決取消提供四項文件，為調閱文件埋下變數。
第二項疑點為祕密任務內容。艦隊在離開帛琉後，傳出兩段「隱藏版」航程。首先，國會傳出敦睦艦隊曾駛往關島外海，執行軍事外交任務，美軍直升機降落磐石艦，運走我方捐贈的口罩時有過短暫接觸，引發被美軍染疫聯想。軍方對這項傳聞立即予以否認。
另據國防部展示艦隊安全回報資料顯示，艦隊航程未向東接近關島外海，而是由菲律賓北方抵達婆羅洲，再進入南海，往北經南沙、東沙。
軍方稱，艦隊在參與海疆操演後，於四月九日靠港左營。
