大約 10 至 14％的人會比較嚴重，有肺炎及呼吸困難的問題，主要是巨噬細胞的量不足以抗拒大量的病毒，或巨噬細胞的功能萎縮，造成肺部下部細胞感染，這個病毒又不會引起第一及第三類干擾素來警告隔壁細胞，因此感染會擴大。感染的細胞及巨噬細胞發出求救的化學信號，引起肺部周邊的血管鬆開，讓白血球進入來攻擊病毒，產生發炎反應，白血球作完事就會自殺，讓巨噬細胞清理戰場，但約 4.7 至 10％的人因為免疫的過度反應，讓血管鬆開太多，血漿也跟著進入肺部，造成肺部無法呼吸，必須用呼吸器增加氧氣的壓力幫助呼吸，而且可能會產生多種器官衰竭或敗血性休克，一些人會因而死亡。
當然，死亡率隨地而變，可能和直接進入口腔有關。依據義大利和其他國家的數據顯示，老年人是主要的死亡者，病毒在肺部繁殖，引起血液中大量白血球和血漿進入肺部，造成急性肺炎，這和老年人的免疫系統下降和吸菸、室內污染、慢性病有關，老年人也比較會有慢性疾病，肺巨噬細胞也比較少，比較容易產生嚴重的肺炎，相對的，幼兒免疫力尚未成熟，也容易因感染死亡。德國的死亡率很低，主要是德國人有自制的能力，少量的病毒從鼻孔進入，因此雖然有很多人感染，大都症狀輕微。
其實每年肺炎的病患約有 4.5 億人，死亡有 400 萬人，只是這個短期內快速感染的疫情讓衛生單位措手不及，設備不足尤其是呼吸器短缺，難以應付快速送進來的病人做有效治療。
新病毒侵襲，疫苗是最佳解嗎？
這次新型冠狀病毒爆發，讓世界各國都措手不及，大家應該痛定思痛，預作準備，以防下一次新病毒侵襲。那麼，要如何為未來做好準備？病毒的研究當然非常重要，政府也很慷慨拿出大筆的研究經費，不過，研究是長期作戰計畫，無法應急，因為：
1.發展疫苗通常需要相當長的時間，而且，這種千變萬化的 RNA 病毒很難有單一有效的疫苗，而且要考慮到病毒利用抗體感染細胞及其他的免疫反應。我們從流感病毒疫苗的痛苦經驗學了乖，流感疫苗每年必須更新、接種後兩星期才有效。美國 1989至 1992 年的流感疫苗有效率只有 31 至 45％，而且相當昂貴。以前也發展過人類 229E 型冠狀病毒疫苗，但並不具有長期的免疫效果，針對動物冠狀病毒的疫苗也不完全成功，而且可能還會有抗體幫助感染的問題。因此，雖然發展疫苗可行，但我們缺乏對這個新病毒的了解，以及發展疫苗所需的時間，都是必須仔細評估的問題。
2. 發展抗 RNA 病毒的藥並不簡單，需要多年人力物力的投資，可能緩不濟 急。不過，欣慰的是，德國法蘭克福大學從甘草找到抑制 SARS 病毒生長的化合物，許多藥廠也都有發展抗 SARS 的藥物，美國製藥公司 Gilead發展的瑞德西韋（Remdesivir，抑制伊波拉病毒複製酵素） 似乎可以用來治療這個感染。國家衛生研究院最近也從成藥發現一些抑制病毒的藥。
