攸關檢察體系改革的議題，於上個月26日首度在司改國是會議分組會議正式攻防，法務部等建制派守住檢察官與法官同是司法官的屬性，但對「檢察官不是法官」做了明確宣示。而改革派主張檢察官為特殊行政官，以使其權限的行使能權責相符，其雖取得些許成果，但目前幾項主要的改革方案，都在表決時鍛羽。
曾草擬總統蔡英文司法改革政策白皮書的人士3日指出，檢察官向來不習慣民主問責，在司改中捍衛自身利益，「是台灣司法改革的破口」。
司改主流派：檢察體系動不了，司改通通是假的
蔡英文競選期間提出司法改革政策主張，在全面檢討違反「刑事人權保障」現況的部分，她提到要「確認檢察官定位」。
有國是會議委員指出，檢察官傳統上於體制內被視為司法官，就是定位有問題，因此「才要確認」，然而法務部卻仍主張檢察官是司法官，而最近法務部安排到第3組的幾名委員退出國是會議，也被指與此爭議有關。有委員質疑，為何法務部長邱太三找來的委員，卻不斷「扯後腿」。
參與研擬蔡英文司法政策的人士3日受訪指出，當時與蔡討論檢察體系議題時，大家都說檢察官的勢力龐大，改革難以推動，有人就直言，「司改的破口就是檢察官」，而檢察體系如果動不了，「司改通通是假的」；而在蔡英文決定召開國是會議後，相關人士再度提醒，必須記取檢察系統在1999年阻撓國是會議的教訓，這也是蔡堅持國是會議必須有過半非法律人參與的主因。
至於檢察官定位為何？這名人士說，不同學派的觀念不同，在小英基金會研擬司法政策時，大家沒有共識，但至少大家都確認「檢察官不是法官」，也有人說檢察官是介於司法官與行政官之間，是具司法屬性的行政官，或說是不同於一般公務員的特殊行政官，但因為大家知道這個問題的爭議性，當時沒有下定論。
自蔡政府要召開司改國是會議起，就不斷傳出黨政高層與民間司改會等聯手，要將檢察官的定位改為行政官，但總統府人士說，府方沒有這樣的既定立場，放入這項議題時並未設定一定要有結論。而在26日的第3組會議中，會議主席瞿海源也裁示由法務部開研討會，就此繼續深入討論，而未交付表決。
選任委員時，法務部積極將主張改革檢察體系者調離第三組
儘管如此，法務部與檢察系統建制派從一開始就嚴陣以待。有國是會議的籌委1日受訪時指出，擔任籌委的邱太三在籌備期間，「不斷主張刪除檢察官地位」這項議題。有多名委員透露，去年底被邱從新竹地檢署調任到法務部負責國是會議的檢察官陳瑞仁，積極運作委員的選任，以確保第3組的成員結構對法務部有利。另有委員說，有檢察官3月初證實，正在偵辦農委會主委林聰賢在宜蘭縣長任內涉嫌圖利的開發案，在他看來，這是檢方意圖警告蔡政府，別想動檢察體系。
