另一個更棘手的法律問題出在，主管機關查到違法中資前，中資已行使過股東權，甚至還參與公司決議或介入經營。「倘若行政或司法機關事後認定這些是違法中資，公司在這段時間受到的損失，國家又該如何還原和補償？」這位法界人士說道。
大同案除了環繞法律爭議，也赤裸裸地揭露出不少資本市場上的問題。一名市場人士分析，依據《證交法》規定，任何人單獨或與他人共同（等於同一關係人）取得任一家公開發行公司的股份總額超過一○％者，必須向主管機關申報及公告。但他認為：「在大同案裡這項規定『形同具文』，主管機關很難去查核股東之間有沒有事前協議。換句話說，要不要申報只能看當事人良心，像這種條文就應思考怎麼修法。」
此外，在大同案裡，中資屢次假扮外資，非法繞道來台狂買股票，雖然金管會三度裁罰並限令在「集中市場」上出脫股票，但中資似乎還是罰不怕。
凸顯出公司內部治理難題
這名市場人士分析，《台灣地區與大陸地區人民關係條例》就有規定，「中資投資人轉讓其投資時，轉讓人及受讓人必須會同向主管機關申請許可。」他認為，金管會的行政裁罰牴觸上述規定，才會讓有心人在集中市場上將股票「左手換右手」，他建議金管會遇到類似狀況時，可以附加申報轉讓條件，讓主管機關能清楚掌握中資的最新狀況和動向，也能避免落入永遠查禁不完的窘境。
而大同案亦凸顯出公司內部治理上的難題，另一名熟悉財經法規的人士解釋，《上市上櫃公司治理實務守則》規定，「上市上櫃公司應隨時掌控持有股份比例較大以及可以實際控制公司的主要股東之『最終控制者名單』。」
但在實務運作上，公司必須等到「股票停止過戶日」後，才能拿到最新股東名簿及確認股東和股權變化狀況，不過「外資」在名冊上只會註記「保管機構」名稱。「私人公司缺乏公權力，怎麼查得出背後的最終受益人是誰，這項規定在實務上根本走不通！」
應透過保管機構對外資徵信調查
現行外資必須透過台灣保管機構進行投資及行使股東權利，但他從大同案裡警覺到，保管機構如果一開始就做足徵信或調查，或許就不會發生這麼多次非法中資買股的狀況了。
「保管機構也有防制洗錢的義務，不能總是以利益為導向，漠視規定替中資暗渡陳倉，如果繼續這樣子，主管機關是否也應該追究他們的責任呢？」這名人士說道。
