媒體人黃光芹日前以中央流行指揮中心指揮官陳時中為主角撰寫出書，並在近日正式開賣，她更爆料，新北市長侯友宜與陳時中在行政院會中聯手「逼出」指揮中心一級開設，行政院長蘇貞昌只好當場裁示。但對此，指揮中心1日晚間發出聲明駁斥；侯友今（2）日受訪則「打太極」未正面回應。
針對黃光芹的爆料，侯友宜今受訪時表示，中央與地方全心全力合作，新北市這段期間做了很多建議，相信中央大部分都有採納，至於是誰建議並不重要，重要的是同心同力拚防疫。
侯友宜強調，現階段最重要的大家全心全力拚振興，讓全台受新冠肺炎（武漢肺炎）疫情影響的行業都能復甦，也呼籲各界同心協力做好工作。
駁施壓開設 指揮中心：因當時疫情緊急，超前部署
指揮中心也在1日晚間嚴正駁斥，並說明，一級開設是因為當時國際疫情緊急，且國內已有零星之社區感染案例，為因應疫情發展之超前部署工作，需積極統合各種資源、設備及人員，統一指揮督導及協調各級政府機關、民間團體與各類組織執行防疫工作。
指揮中心強調，原已與行政院預先商討，立法院2月25日通過「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」後，總統發布生效時，規劃將指揮中心由二級提升為一級。並非媒體報導所謂遭受壓力才決定開設。該報導中所引述之內容與事實不符。
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