我國NGO工作者李明哲被中國關押70天，中國在26日透過新華社透露，李明哲因涉嫌「顛覆國家政權罪」而遭逮捕。為了營救先生，李凈瑜14日赴美求援，除出席國會聽證會，也與白宮及國務院官員坐下來談李明哲近年如何推動中國人權。但在台灣，李凈瑜說，「沒有任何政府官員來跟我談過明哲的人權工作內容」，政府現在質疑她刻意隱瞞李明哲去中國做了什麼，她非常難過，李明哲做的事「我深深引以為傲」，是「政府從來沒有要關心」。
壹週刊報導，政府高層批李凈瑜隱瞞李明哲管理公益基金
24日出版的《壹週刊》引述匿名消息指出，總統蔡英文的親信近日曾到中國了解李明哲案，發現李事實上管理提供給受政治迫害家屬的公益基金，違反中國的《境外非政府組織境內活動管理法》，而李凈瑜未對政府坦白說明這些事，另外，李凈瑜赴美求援太高調，而使得原本李明哲可望在端午節前獲釋的計畫生變。
總統府當日就這篇報導指出，「相關內容，並非事實」。協助李凈瑜赴美的「李明哲國際救援小組」25日就總統府的回應及該報導內容發表聲明，指蔡政府對受難者「冷血無情」。總統府隨即再度澄清報導非事實，也說營救工作一直持續進行，過程中也與家屬保持密切聯繫，並讓家屬充分理解營救措施。
在25日與《風傳媒》的電話訪問中，李凈瑜說，台灣面對的是龐大的野獸，她了解台灣的處境與政府的為難，台灣面對中國的時候，「你只能選擇跟國家站在一起」，她從一開始就不願對政府多做批評，她在美國時更是如此，她相信她對政府講過最重的話不過是說政府在救援作為上「很冷」，而這「確實是我的感受」。
李凈瑜說，她知道總統府有否認報導，但報導的內容仍讓她非常難過。首先，她感覺到政府不是將李明哲在中國「被失蹤」定位為他對中國從事人權工作；另外，她已拒絕中國派的掮客李俊敏，如果報導所指蔡英文指派密使為真，「蔡政府是不是在建構另一個李俊敏？」在訪問中，李凈瑜數度難過的泣不成聲。
李凈瑜：對李明哲深以為傲，恨不得全世界都知道他做的事
李明哲很早就透過網路與中國網友互動，長期關注中國人權，近年他開始利用微信向網友介紹台灣的白色恐怖與民主化經驗等歷史，寄送人權相關書籍給網友，號召網友捐款濟助維權人士家庭等。這些李明哲透過一己之力協助中國維權運動的作法，自他失蹤起，朋友為他架設的〈尋找李明哲〉網站就有介紹。
李凈瑜說，她此行赴美，將所有與李明哲從事人權工作相關的資料都帶給拜訪對象，包括李俊敏轉給他李明哲在非自由意志下寫的自白書，白宮國家安全委員會亞太資深顧問暨總統特別助理博明（Matt Pottinger）看完後和她分享他過去在中國採訪也曾被逮補、囚禁、寫下自白書的經驗，「他（博明）說他只被拘禁一天，就乖乖寫了，我當下真的很感動，因為我覺得我真的被理解了」。
