軍方相關將領說，所謂加強戰備就是要把彈藥、油料等後勤補給品達到戰備量，保持裝備在堪用狀態，必要的人員一定要在部隊中。據了解，有關新式武器更新和彈藥的補足，大部分前些時候都已經完成，還要加強的，應該是部隊的訓練方面。
加強戰備，增加偵巡
據指出，空軍的警戒戰機平常時期是十四架左右，加強戰備之後，警戒戰機的數量就相對增加；另外，過去空軍偵察機在大陸沿海偵巡的次數是一天五次，戰備之後，不僅次數增加，而且偵察機的架數也增加。同時訓練的任務減少，加強空中巡邏，並且全面配掛實彈。
過去有段時間，中共只要有戰機出海，我方同時也會有戰機升空監視，這種慣例曾一度取消，但最近又恢復。軍方人士說，只要中共戰機越過海峽中線，空軍戰機一定會處理。
雖然三軍全面加強戰備，但是仍未全面提升戰備狀況，三月五日中共宣布演習當天，幾個外島的休假還是保持正常，但國防部高階官員則紛赴各單位巡視。據指出，各軍種是否提升至狀況三，全面停止休假，將視演習之後的情形而定，而各軍種的戰備狀況，也可能會有些差異。
儘管實施導彈演習早在軍方的預估之中，但由於彈著區離台灣實在相當近，而且中共故意選在基隆和高雄兩個港口附近，造成民眾的心理壓力相當大。同時在導彈的演習之外，大陸東南沿海所聚集的十五萬重兵，也是另一項潛在的威脅。感覺上，除了台灣東部之外，幾乎整個台灣島都在中共武力威脅的陰影下。
因此，雖然這次的演習仍然被軍方界定為政治意義超過軍事意義的演習，只是軍事的威脅卻可能是近幾年最強烈的一次，所以五日早上上班之後，參謀本部隨即召開高層的參謀會。
這個由羅本立主持的會議，除了針對情報次長室提供的情報資料作一些研究討論之外，作戰次長室也對中共可能採取的各種行動，進行沙盤推演，並且提出我方的因應對策，這些因應對策，也就是李登輝所說的「十八本劇本」的一部分。
立委們最關心的問題是，到底軍万對這樣的軍事挑釁行動，能採取什麼具體的反擊措施？還是只是一再的「忍耐」？
據了解，這些「劇本」是根據每年修訂的「固安作戰計畫」為底本作成的，每個軍種根據不同的狀況會有好幾套的對策，而這也是國軍的「極機密」，就像底牌一樣，未到最後關頭，不輕易出示。
侵入領海必然反擊
會議中，軍方預判這次試射的飛彈仍是以M族飛彈為主，北方彈著點的發射地若在南，飛彈可能飛過台灣領空；但研判中共應該不會如此做，因為，他們選的彈著點就表示他們有此能力，沒有必要再如此做。會中重申國軍不主動挑釁，但也不回避的原則，假如解放軍侵入我方領海，我軍必定反擊。會議結束之後，軍事發言人室也奉命草擬新聞稿。
