蔡壁如一向被視為是對柯文哲最忠心耿耿的幕僚，但轉任立委後，柯私下抱怨越來越難管得住她，兩人關係埋下嫌隙。外界不知的是，柯、蔡於六月十七日曾在民眾黨內部會議中因此對峙。
台灣民眾黨（民眾黨）創黨十個月，尚未滿周年就內鬥頻仍，連台北市長柯文哲與心腹蔡壁如也傳出關係生變。據了解，柯在蔡壁如擔任立委後，確實一度對近側說：「蔡壁如已經要做自己了！」他越來越控制不住她。對於柯的疑心，蔡壁如表示，她已經直接和柯Ｐ談此事，當面念他：「阿你就到處跟人家亂講！」
柯擔憂蔡越來越難管
《鏡週刊》爆料柯文哲一度下令限縮蔡壁如的黨務指揮權。《新新聞》調查，其實在蔡壁如剛擔任民眾黨立委時，柯有一次私下與幕僚談話，曾毫不諱言地說：「蔡壁如已經想要做自己了。這樣不行！」
據了解，就在柯文哲疑心蔡壁如「自立為王」後不久，蔡在未經柯同意下，疑似為了布局高雄市長補選，將戶籍遷到高雄。據指出，這一度惹怒柯文哲。只是蔡壁如說，她當時這麼做，一是原本認為立委不會當選，高雄剛好有個非政治性工作可以爭取；此外，也因老是有人說柯文哲身邊只有一個蔡壁如，她心想乾脆離柯遠一點好了。
柯文哲不滿蔡壁如，蔡壁如一度想遠離柯文哲，柯、蔡之間顯然有事。蔡壁如接受《新新聞》專訪時證實，新聞爆開後，她和柯文哲當面談開此事。
六月十七日民眾黨周三黨政會議中，柯文哲直接問蔡壁如：「ㄟ……，人家說我們兩個不合咧！現在要怎麼辦？」蔡回：「不合就不合啊！這樣不是很好嗎？對我還安全一點！」看著蔡壁如的反應，柯文哲問：「對你安全？現在是在演哪一齣？」蔡壁如也沒在怕地說：「阿你就四處跟人家亂講！」
蔡承認會對柯大小聲
對於兩人關係有變，蔡壁如表示，其實大部分的狀況是，討論一些事情時，例如要不要召開黨員大會，柯文哲憂心一萬兩千人的動員會很困難，蔡壁如則認為：「不要這麼沒志氣，如果動員不起來，我們就可以『包袱仔款款咧』！」柯文哲反問：「你是在說什麼？」然後對著常常認為該正面迎戰的蔡壁如，柯最後常會回以：「阿你比較厲害，不然你來！」蔡壁如表示：「柯文哲每次都講：『妳比較行，妳來！』我就說：『我來，你不要管！』然後他又回頭跟別人講：『不行、不行，不能什麼事都蔡壁如，別人都不用做？』」
蔡壁如認為，她常常是被逼著去處理事情，久了柯文哲又覺得所有事情都是她在決定，當柯的抱怨或質疑被傳出去，就變成兩人不合。柯、蔡為此在民眾黨直接質問對方，一旁觀戰的中常委說：「還會『答嘴鼓』（鬥嘴），哪有關係不好。」對於柯文哲私下召來幕僚說已經越來越控制不住蔡壁如，蔡也為柯緩頰說：「那應該是柯開玩笑的話。不會啦！不會啦！」
