二、改制的定義是什麼？公法人可以改制為公務機關嗎？
1、「法人」跟「公務機關」是不相當的概念：
按農田水利會是具有社團法人性質的公法人，是一個有特定會員的而社團法人，為具有獨立的法律人格，得為權利義務主體。因為被賦予達成水利灌溉的公共任務，而被賦予與此相關的公權力，而被法律賦予公法人的地位。至於公務機關則不具有獨立的法律人格者，而是公法人所屬的公務機關。兩者是處於一個不相當的概念。例如農委會是國家法人的公務機關，而農委會本身並不是獨立的法人。鄉鎮公所是鄉鎮法人的公務機關，而不是鄉鎮法人本身。縱使農委會或鄉鎮公所以公務機關的名義可以作為訴訟當事人的地位，但也祇是代表「國家法人」或「鄉鎮法人」行使權利，其權利主體仍歸屬於「國家法人」或「鄉鎮法人」。
所以一個「公法人」「改制」為「公務機關」，是完全不相當的概念；「法人」永遠不可能直接「改制為另一個公法人的公務機關」。
2、所謂水利會改制公務機關，其實至少包容以下二項公法行為結合而成的結果（1）強制水利會解散、廢止，消滅其公法人之資格；（2）將水利會的「財產、業務、人員」強制移轉予政府指派之「新的業務經營管理公務機關」。
所以所謂「改制」毋寧説就是：
1、強制解散、廢止，消滅法人。
2、強制移轉「財產、業務、人力」予公務機關。
三、新法並未規定農田水利會強制解散或廢止，能否消滅其法人資格？所以農田水利會的法人資格是否消失？即有爭議！
水利會改制為公務機關，其實包容二項公法行為結合而成：
1、強制解散或廢止水利會，消滅其公法人資格。
2、強制將水利會之財產、業務、人力移轉予政府新的公務機關。
但本法對於農田水利會強制解散或廢止均未規定。但依水利法第12條、農田水利會組織通則第一條規定水利會仍然是公法人。按理法人未經依法解散、清算程序，仍具有法人的資格，仍是權利義務的主體。
而且「解散」或「廢止」是對人民權利的重大處罰行為，依「處罰法定主義」原則，農田水利法既無明文規定水利會解散、廢止、清算，所以水利會的法人資格，照理應繼續存在。但因為農田水利會組織通則第40條剝奪水利會會員的選舉、被選舉權，行水利會實質陷於腦死狀態。而主管機關農委會則球員兼裁判，早已將水利會視為10月1日到了就自動消滅。所以水利會是否存在或消滅，即成為爭議！
四、未經過會員過半數同意，能夠由政府強制解散嗎？
依據農田水利會組織通則第九條規定：「農田水利會設立後，遇有自然環境變更或水資源規劃變更時，主管機關得依職權或經農田水利會之申請，對各該農田水利會及其事業區域為合併、分立、變更或廢止之決定。
