2018年台北市長選舉，《屠殺》一書作者葛特曼當時質疑柯文哲涉入器官仲介案，還批柯文哲是「騙子」，柯文哲憤而提告妨害名譽。柯文哲今（9）日上午前往台北地檢署說明約2小時，在說明後，柯文哲步出地檢署宣讀聲明，表示葛特曼對他不實的指控，是對他的污辱，也是對台灣醫界的污辱。同時，他也向檢察官提出要求，要跟葛特曼對質，「這不僅是捍衛我的名譽，也是捍衛台灣在國際醫療的信譽」。
柯文哲今天上午抵達地檢署時，表情一派輕鬆，並搖下車窗向媒體打招呼，記者詢問柯文哲是否希望和葛特曼直球對決？柯文哲回答：「當然」！
會後，柯文哲步出地檢署，親自念出聲明。柯文哲表示，台灣很多人去大陸接受器官移植，因為在台灣接受器官移植的人數，和移植後使用抗排斥藥物的人數有非常大的落差，醫界也時常耳聞台灣有病人去中國移植器官。柯文哲說，中國大多是從死刑犯身上取得器官，但是死刑犯不全部是來自法輪功，事實上大陸也沒有腦死判定條例，不像台灣器官來源是腦死的病人。
柯文哲：葛特曼不該將訪談對象直接變成罪犯
接著，柯文哲說，台灣器官捐贈移植系統是他所建立的，所以他對這些數據很清楚，依他的醫學專業及臨床經驗，他對葛特曼的訪談作了一些陳述，但他所說的事情，葛特曼不應當把願意出面說明的人當作摘取器官的主角，並在選前來台灣說他是騙子。柯文哲表示，他當醫生的時候，無論是病患、家屬、醫界同仁、國際學者，對於他在醫學的專業有極高的信賴，當時葛特曼來台灣是為了做人權相關的研究調查，他願意具名接受訪談，說明他所知道的事情，他說「有人」這樣做，但葛特曼竟然把接受訪談者變成了罪犯，所以他完全無法接受這樣的事情。
柯文哲也說，葛特曼在出書前未曾再來信詢問，2014年時他們有去函要求更正，葛特曼也回信確認他並非書中的主角，並答應於新版時會做修正，但令人憤怒的是，葛特曼在2018年出中譯本時，竟然蓄意先出跟他有關的第9章，並且也未對內容做任何的修正，且還到台灣來開新書發表會，對他有不實的指控，「這是對我的污辱，也是對台灣醫界的污辱」。
柯文哲說，他過去30年奉獻給醫學，照顧過數以千計的病人，今天提告是因為他受到不白之冤。柯文哲認為，仲介器官買賣是非常嚴重的指控，這除了是對他個人最大的污辱，也會影響台灣在國際上的形象。柯文哲說，台灣的法院應是保護公平正義的地方，既然葛特曼站在台灣的土地上胡亂指控、栽贓，因此他向檢察官提出要求跟葛特曼對質，這不僅是捍衛他的名譽，也是捍衛台灣在國際醫療的信譽。
