UNESCO表示，對土國的決定感到「非常遺憾」，並呼籲安卡拉當局暫停動作「開放對話」。UNESCO文化事務副秘書長歐同─拉米雷斯（Ernesto Ottone-Ramirez）曾表示，改動博物館需要更廣泛的認同，聯合國已經去信土耳其詢問，但未收到任何回覆。
希臘正教會也譴責此舉，希臘的正教徒人口超過9百萬，並視君士坦丁堡普世牧首（Ecumenical Patriarch）為精神領袖。希臘文化體育部長曼多尼（Lina Mendoni）批評土耳其「公然挑釁世界文明」，也批評土國司法判決完全沒有獨立性可言。
她直言：「艾爾多安總統展現的民族主義，已讓他的國家倒退至西元6世紀。」
「現代征服者」重掌聖索菲亞？
BBC報導，艾爾多安近年不斷強化伊斯蘭主義與民族主義論述，將自己塑造成「現代征服者」，能帶領土耳其民族回到光榮時代。他也將聖索菲亞的地位轉換視為純粹「內政」，批評所有評論此事的外國政府或學者是在「侵害土耳其主權」。
許多土耳其人都認為，改變地位與否完全是國內事務，就連反對改建的老牌世俗派政黨「共和人民黨」（CHP）都認為國際勢力不該涉入。今年5月，艾爾多安還公開在電視上批評希臘：「膽敢叫我們不要改建聖索菲亞，是你們在統治土耳其，還是我們？」
亦有觀點認為，由於土耳其在新冠肺炎大流行的防疫表現不佳，經濟又遭到嚴重損衝擊，獨攬大權的艾爾多安為了轉移輿論壓力，才會選擇大眾心中的神聖象徵聖索菲亞來大做文章。
《紐約時報》（The New York Times）報導，聖索菲亞未來的使用方式目前還未確定，艾爾多安可能只想在裡面主持重大節日的禮拜，例如每年5月29日的「伊斯坦堡征服日」（İstanbul'un Fethi）。但他的伊斯蘭主義支持者可能希望常態性開放該館。
千年人像壁畫處境堪憂
《華爾街日報》（the Wall Street Journal）報導，許多歷史學家與藝術專家都表明，擔心聖索菲亞建物上的大批馬賽克聖像遭遇不測。
倫敦格林威治大學（University of Greenwich）歷史系講師塔博特（Michael Talbot）表示：「他們要不要拿來當成清真寺，老實說我都不在乎，令人擔憂的是裡面的藝術史蹟，那不是土耳其的私產，而是全世界的遺產。」
在拜占庭帝國時期，聖索菲亞教堂是君王加冕儀式所在地，層層挑高的穹頂、迴廊、牆壁與窗戶拱口上，繪滿了與基督宗教故事或拜占庭帝國有關的人像壁畫，其中不少以馬賽克磚拼貼構成，在宗教與藝術史上都是不可多得的珍貴紀錄。聖索菲亞落成後命運頗為多舛，除了多次歷經地震、火災等意外，13世紀初十字軍（crusaders）東征君士坦丁堡時也被大肆劫掠、破壞。
1453年，蘇丹穆罕默德二世攻陷君士坦丁堡，立刻將聖索菲亞改為清真寺，他動用大量工人與資金，把殘破不堪的教堂一一修補，並陸續增添喚拜樓等伊斯蘭式裝飾，但他並未大幅破壞教堂原有壁畫，而是以石膏塗抹掩蓋起來，因為伊斯蘭教不允許崇拜人像。直到凱末爾下令改為博物館，工匠與文史學家才陸續讓這些壁畫重見天日。
君士坦丁堡與聖索菲亞落入異教徒手中，標誌拜占庭帝國的覆滅與東正教衰微開端，堪稱東正教徒心中永遠的歷史傷痛之一，稱之為「帝國最後的陷落」（The Last Great Siege）。塔博特指出，這種傷動至今從未真正撫平，因此希臘、俄羅斯等正教徒國家才會對土耳其大加批評。
「這就像梵蒂岡的聖伯多祿大殿（St. Peter's Basilica）被改成清真寺一樣，重點是教堂已經不是教堂，而且掌握在另一個競爭宗教的手上，」塔博特說：「這關乎的是東歐人離散史論述的一部份。」
