配合財政健全方案修法，行政院會13日通過「加值型及非加值型營業稅法」和「所得稅法」部分條文修正草案，前者將金融營業稅率從2%提高到5%，後者將兩稅合一制度由完全扣抵制改為部分扣抵制，並增加綜合所得淨額1,000萬元以上高所得者適用45%稅率的課稅級距。
財政部長張盛和在會後記者會中表示，由於金融業每2個月報繳一次營業稅，攸關銀行業、保險業營業稅的加值型及非加值型營業稅修正草案通過後，金融營業稅從2%調整為5%，下半年即可實施。至於「所得稅法部分條文修正草案」，容包括提高薪扣、殘障扣除額、獨資合夥課稅，以及施行日期等共13條，該草案明訂民國104年1月1日施行。
行政院發言人孫立群會後轉述，行政院長江宜樺於所得稅法修正草案通過後指出，財政部採行相關配套措施，包括調高薪資及身心障礙特別扣除額各2萬元等，以減輕其租稅負擔，此方案符合租稅公平原則，並可改善國家財政狀況，應可獲得社會大眾支持；此案屬政府重大政策，請財政部積極協調立法院朝野黨團，儘速完成修法程序，並向社會各界廣泛說明。
提高金融營業稅率的修法方面，江宜樺表示，財政部考量近年銀行及保險業經營體質已逐步強化，平均獲利提升，並參考國際間提高金融業稅負作法，擬具營業稅法修正草案，將銀行及保險業經營本業銷售額之營業稅率由現行2%恢復至5%，使金融業得以回饋政府前為解決金融危機所付出的成本。
此外，為防範系統性風險，短期內仍保留2%金融業營業稅撥入特別準備金至113年12月底止。江宜樺指示財政部與金管會積極協調立法院朝野黨團，儘速完成修法程序。
