物換星移，1988年1月13日蔣經國去世，黨國改由李登輝接班掌政，如果大家記憶沒忘，那幾年國民黨內暗潮洶湧，權貴族群勢力間的縱橫睥睨無時無刻不在推演中。台灣政局只是維持了表面上的安穩，實則危機處處，隨時都有可能翻船。直到1990年三月學運的野百合運動出現，李登輝才藉由蓄積的民氣著手進行一系列改革。他一方面依照其對學生所提出的「解散國民大會」、「廢除臨時條款」、「召開國是會議」、以及「政經改革時間表」等四大訴求兌現承諾，大膽召開國是會議後即時啟動修憲工程，另一方面則在1991年宣示廢除《動員戡亂時期臨時條款》，並結束「萬年國會」的運作，使台灣的民主化穩步進入新階段。特別是在1996年貫徹總統直選的民主進程，讓台灣第一次成立民選的合法政府。至此李登輝政府才算真正度過危機。
拋出「兩國論」的契機和延續
對於像洪秀柱等的黨國第二代子弟們，當時雖然出現趙少康、郁慕明等成立新黨的出走危機，在當時猶然仍屬於黨國壟斷國家資源的情境中，所以所激起的動盪並不大，尤其是絕大多數黨政大老們仍選擇留在黨內經營個人宦途。更重要的是，對於總統直選和國會全面改選所帶來的衝擊，並無太大切身感受。甚至於其間，1999年7月9日下午，李登輝突然趁著德國媒體專訪之際直言拋出：
「中華民國從1912年建立以來，一直都是主權獨立的國家，又在1991年的修憲後，兩岸關係定位在特殊的國與國關係，所以並沒有再宣布台灣獨立的必要。」
李登輝突如其來的「兩岸特殊的國與國關係」的「兩國論」，一時間讓中南海措手不及，經密集討論兩天後才由國台辦出面發表談話，直接點名批評李登輝「公然把兩岸關係歪曲為國與國關係，暴露其一貫蓄意分裂中國領土和主權的政治本質」，國台辦發言人措詞極其嚴厲地批評李登輝與台獨分裂勢力主張沆瀣一氣。
中華民國主權如何與一個中國脫鉤
從歷史的角度回看，李登輝當時所推出「兩國論」根本就是個保密到家的陰謀行為。1996年透過全民直選讓李登輝當選首位台灣總統後，在1998年8月即在總統府架構下成立「強化中華民國主權國家地位」小組，並召集多位年輕法政學者參與研究(小英總統在當時亦被延攬入府)。研究的主要方向是「中華民國主權如何與一個中國脫鉤」，該研究報告於1999年5月完成。這篇報告，在前言中即以歷次修憲來論述中華民國自成一個主權國家的法理基礎，並提出該如何一步一步實現維護台灣主權的整套計劃，包括修憲、修法與廢除國統綱領。
這論述架構應是參考了「一個德國，兩個國家」的理論模型而來。這也形構成小英總統現在「維持現狀」的一種兩岸論述基礎。只是，中國距離1999年的國力和領導人的企圖心已今非昔比，就像「九二共識」也早已不能填飽中共對台政策的胃口，按照中共的進度表，現在必須往「一個中國原則」和「台灣內政化」跨步邁進。
