伊拉克中央政府與庫德自治區的主要爭議，在於未被劃入自治區的石油重鎮基爾庫克（Kirkuk）主權，該城所在的基爾庫克省以庫德族為主，占該省總人口48%，反觀阿拉伯人僅占28%，因此庫德族認定基爾庫克屬於其領土。2014年6月，正值全盛時期的IS在伊拉克攻城掠地，伊拉克軍隊撤離基爾庫克，庫德族隨即派兵入駐，自此基爾庫克成為庫德族控制範圍。
產油大城具主權爭議 伊拉克不肯放手
1名伊拉克資深國會議員告訴《衛報》：「他們（庫德族）以為是他們打了勝仗嗎？我們有數萬名陣亡將士，而他們只有42名，如果有方法能夠擺脫他們，且留下屬於我們的東西，我們當然支持，可惜沒有這種方案。」
梅索爾．巴爾札尼則稱：「是時候認清這（聯邦）體制無法運作，伊拉克早就分裂，而公投只是反映事實......讓我們有義務與伊拉克以和談模式，承認我們的建國大業。」
伊拉克前獨裁者海珊（Saddam Hussein）在2003年被美國拉下台後，伊拉克進入混亂的過渡時期，並在2005年實施新憲法，確立採行聯邦制，庫德自治區則是聯邦的一部分。另外，伊拉克境內教派鬥爭激烈，庫德族以遜尼派穆斯林為主，但巴格達政府由佔全國多數的什葉派領導，伊拉克早已處於分裂狀態。
