因家屬憂心，軍方另於其他國軍示範公墓找尋適當地點，李登輝墓地的選擇就這樣耽擱了一陣子。
知情人士說，蔡英文掌握李登輝墓地卡住了的情資，最後按捺不住了，告訴幕僚，她要親自去看地。國防部火速再找出兩塊地。
六月六日周六，也就是高雄正進行歷史性的高雄市長韓國瑜罷免選舉時，蔡英文當天指示她要親自去五指山。據了解，為了不引起注意，蔡英文特別要求國安局特勤中心輕車簡從，只開了兩部車上山，並請平時與軍方對口的國安會副秘書長陳文政隨行。
蔡英文座車開到山下時，天氣還算穩定，但一上山立刻下起傾盆大雨。六月水淹中國受世界關注，當時台灣雖未有大災情，但到了下午常雷雨交加。六月六日當天，高雄在罷韓時也雨如決河，民進黨當時還擔心是否因此影響民眾出門投票的意願，可見雨勢之大。
雙穴位規畫可夫妻同葬
傾盆大雨沒有阻止蔡英文，她穿上了雨衣還是被淋成落湯雞，在五指山親點李登輝墓地。據指出，蔡英文點完地後，脫下雨衣時全身濕透。
尋地過程中，被家屬第一時間就否決的嚴家淦兩旁與特勳區最下面一排的地，蔡英文看都沒看，表示她連考慮都不考慮。軍方於是帶她去看位於五指山墓地地標「國軍革命陣亡將士紀念碑」旁的一塊草地，但蔡總統當場否決，她認為那太顯眼、太招搖，若葬此恐陷李於不義。
接著軍方帶蔡英文到特勳區，位於嚴家淦墓地上方的一塊坡地。據指出，蔡總統一看就說：「這塊好。」她認為那塊地不醒目，而且周邊有林蔭圍繞，視野可遠望台北與海景，是相當適合李總統安眠之地。
蔡英文親自點選的李登輝墓地，以整個特勳區結構來看，最高的第五層（龕位編號第一排）有湯恩伯的墓；嚴家淦墓地位於第三層；李登輝預定的墓地在湯、嚴之間的坡地，等於是第四層；郝伯村在更低的第二層；蔣仲苓、陳燊齡兩位名將位於第一層。
李登輝的墓地居上方，與郝柏村中間隔著一個嚴家淦，因為擋土牆與植栽，李、郝兩政敵的墓地基本上互相看不到。
由於特勳區可以夫妻同葬，據了解，李登輝的墓地規畫為雙穴，未來若前第一夫人曾文惠百年後，可與李葬在一起。
治喪工作總統親自拍板
除了墓地，《新新聞》掌握，李的後事表面上是治喪工作小組負責，實際拍板的是蔡英文本人。
據了解，工作小組原定八月三日周一才開始降半旗與開放台北賓館讓民眾致哀，沒想到這個決策於開會當天中午十一點四十八分送進蔡英文辦公室後，決策大員陸續被總統喊入；十二點十分，蔡推翻所有決議，要求七月三十一日周五中午就降半旗三天，台北賓館八月一日周六即開放追思。據指出，蔡認為，決策必須照顧國民情感，一切等到星期一太慢了。
蔡英文緊盯李登輝後事，李過世前病情危急時，《新新聞》掌握，台北榮總每天都以「八百里加急」般的速度，將李登輝病況報告直送蔡英文。
七月二十九日周三，蔡英文與副總統賴清德、行政院長蘇貞昌之所以連袂去北榮探望李登輝，就是得知李登輝病危，與國人告別「就這兩天的事了」。
據了解，蔡英文二十九日當天抵達榮總的李登輝病房時，原本北榮要立刻開始做簡報，但因為賴清德還在電梯口，蔡總統要院方暫停：「我們等副總統一下。」到了病房後，蔡英文分別用國語、台語輕輕地叫喚與病魔拔河的李總統：「總統、總統」；賴清德在床沿用台語對李講：「總統，我是清德。」蘇貞昌也以台語表示：「總統，我是蘇貞昌。」
府院三巨頭在病房中待了四十分鐘，李登輝家屬都在。眾人聽完院方的報告後，據指出，蔡總統當場就「感覺不好」。
總統府連兩天徹夜未眠，總統與所有親近幕僚日夜守著電話，最是希望李能度過難關，但也做好陪「民主先生」走完最後一程的心理準備。
李登輝撒手人寰後，蔡英文也以李曾獲美國《新聞週刊》（Newsweek）推崇為Mr. Democracy，親自定調其為「民主先生」。
