李登輝訪美引發後續台海飛彈危機。他在一九九六年總統大選勝選後，在兩岸與對美關係上，無法如同飛彈危機前那樣得心應手；也不得不採取措施，嘗試修補與華府和北京的關係。
一九九五年七月二十一日至九六年三月二十五日的台海飛彈危機，堪稱是李登輝擔任總統的十二年內，在兩岸與對美關係上影響最重大的事件。在飛彈危機前，李登輝憑藉著對「潛流」的洞悉力、在契機出現時果斷超前對手的行動力、兩岸綜合國力的差距不如今日巨大，以及中共因為八九年血腥鎮壓天安門學運，在華府的影響力重挫等因素，在兩岸和對美關係等方面並未落居下風。但飛彈危機後，美國決定與中共修好，使李登輝逐漸落居下風。
李訪美讓北京警覺華府立場鬆動
李登輝在九五年初，開始在華府推動前往美國參加康乃爾大學校友會的游說工作。事實證明，近在咫尺的美國國務院對國會山莊和輿論動向的掌握，遠不如千里之外的台北總統府。國務卿克里斯多福（Warren Christopher）不僅在二月指出：「李登輝的訪問有悖於美國的政策。」還在四月十七日於聯合國當面向中共外長錢其琛表示：「李登輝不會得到這個簽證。」亞太事務助理國務卿羅德（Winston Lord）在美國宣布同意李登輝訪美的前幾天，還在北京向中共高層保證「不會讓李登輝訪美」。
當五月初美國參議院以九十七比一、眾議院以三九六比零之壓倒性票數，支持李登輝到美國進行私人訪問後，總統柯林頓（Bill Clinton）遂決定同意，並於五月二十二日正式宣布。自認遭欺騙的中共高層自然十分難堪，立刻推遲國防部長遲浩田訪美與若干工作性的諮商。
值得玩味的是，中共高層對是否該強硬回應李登輝卻有些舉棋不定。時任海協會常務副會長的唐樹備仍如期於五月二十六日率團前往台北進行「焦唐會談」，還簽署了「第二次辜汪會談第一次磋商共識」，並約定於七月二十日舉行第二次「辜汪會談」。在後來出版，據信是李登輝提供資訊的著作指出，在獲知可望順利成行時，李登輝「特別透過兩岸檯面下的密使管道聯繫」，此一動作或許對當時中共高層的態度產生了影響。
但在李登輝訪美後，相關政治效應逐漸浮現。首先是行政院長連戰祕密訪問歐洲，並會晤捷克總統哈維爾（Vaclav Havel）。我方又大動作推動重返聯合國，除李登輝親自發表專文，外交部甚至於六月二十七日表示：「政府對我國參加聯合國的名稱不太計較。」同一時間，美國眾議院已有議員提出修正案，擬禁止國務卿以「不利外交政策結果」的理由，拒絕任何台灣民選官員入境美國；部分國會議員也醞釀，若李登輝在九六年三月的總統直選中獲勝，應邀請李登輝到美國國會參眾兩院的聯席會議中演說。
