這些發展，讓早在九四年的情報分析中，就已將李登輝視為「分離分子」的中共強硬派，更認定李登輝是公然推動「兩個中國」或「一中一台」。而美國政府推翻承諾，也被解讀為對「一個中國」的立場開始鬆動。中共遂主張為迫使李登輝放棄推動「兩個中國」或「一中一台」，並遏止美國對台政策進一步倒退，必須採取強硬行動。
柯林頓政府對台態度趨嚴
在強硬派的運作下，九五年七月中旬舉行的中央軍事委員會會議中，中共總書記江澤民和錢其琛被迫進行「自我批評」。中共高層隨後也接納共軍代表劉華清、張震和熊光楷等人的主張，決定進行飛彈試射與軍事演習，希望藉由大規模的武力展示，達成促使台灣和美國走回中共眼中「正軌」的目的。
接下來，中共除推遲海基、海協兩會的定期會談，更在九五年七月十八日透過《新華社》發布將在七月二十一日至二十八日，於東海海域進行地對地飛彈的試射公告；並如期在七月二十一日、二十二日及二十四日，從江西向台灣東北部海域試射六枚彈道飛彈；也同時以《人民日報》評論員名義，從七月二十四日起，連續四天強烈抨擊李登輝在康乃爾大學的演講，開啟長達九個月、連續七波的武力威脅。
中共的武力威脅，雖沒能阻止李登輝在九六年三月的總統直選中獲勝，還促使美國恢復並深化和我方的高層安全對話與軍事交流，例如雙邊國安會高層的定期會談、與雙邊軍文高層官員的「蒙特瑞對話」，以及軍種與軍種間、軍種司令部與美國太平洋總部間的各種會談。但華府卻從危機中，意識到台灣問題的敏感性，在態度上轉趨保守。更嚴重的是，柯林頓政府為修補關係，決定接受中共要求，將尼克森（Richard Nixon）以來對中共的私下保證公開化。
柯林頓九八年訪問中國大陸時，就在上海公開發表「新三不」，表示「美國不支持台灣獨立、不支持兩個中國或一中一台、不支持台灣加入以國家為入會條件的國際組織」。雖然季辛吉（Henry Kissinger）在七一年七月就已說過類似內容，但這是首次有美國總統將對台三項政策主張結合，公開對中共做出承諾。在修補與中共關係的同時，美國也在檯面下對李登輝施壓，除要求「盡早恢復兩岸對話」，也要求「在九六年一整年都不要推動高階資深領導人的訪美事宜」。
美方態度轉變，讓李登輝在九六年勝選後，在兩岸與對美關係上再也無法如同飛彈危機前那樣得心應手，也不得不採取措施修補與華府、北京的關係。例如李登輝於接受《亞洲華爾街日報》專訪時公開表示：「他短期內可能不會出國訪問，目前亦無訪問美國的計畫。」在就職演說中，李登輝不僅重申期盼兩岸簽署和平協議，還公開宣布願赴大陸從事和平之旅。
台灣開始被視為麻煩製造者
但一九九九年七月，在僅諮詢少數幕僚的情況下，李登輝突然拋出兩岸是「特殊國與國關係」的「兩國論」。但他錯估中共反彈的強度，事先也未知會華府，再度重創了與中共、美國的關係。更嚴重的是，當中共軍機開始大舉出海，將巡弋範圍從原本離大陸十五海里前推至海峽中線時，李登輝在美方壓力下，決定不採取對抗措施，使中共軍機進逼海峽中線就此「常態化」。中華民國在部分華府政治菁英的心中，也開始被視為麻煩製造者。這些發展對台海的安全形勢，與接下來十六年間美中台三方的互動，都造成深遠的影響。
