退縮
由於在各議題上，教宗方濟各並沒有如預期地正面面對中國政府，而是抱持較為保守態度，因而受到教會中批評人士的抨擊。他對維吾爾人的命運保持沉默。自2015年以來，已經有超過100萬維吾爾人遭到拘留，這些被中國官員稱為「職業培訓中心」的拘留所，被批評家和維權人士看做是拘留營或集中營，並認為這是強行消滅維吾爾人活動的一部分。
而當談到中國政府近期針對1997年移交北京、前英國飛地香港的鎮壓行動時，梵蒂岡也持續保持謹慎態度。上個月的一次午間祈禱儀式上，在記者事先所獲得的講稿中可看到，教宗將在祈禱儀式結束之後的例行談話，針對中國的鎮壓行動提出其溫和批評。然而，他最終仍撤回並排除了有關香港的言論。
總部位於英國的人權非政府組織香港監察（Hong Kong Watch）聯合創始人貝內迪克特・羅傑斯（Benedict Rogers）指出：「幾乎每個星期天，當方濟各主持三鐘經祈禱儀式時，總會正確地提到世界上某個地方的不公正現象。」羅傑斯日前在外交政策雜誌上寫道：「然而，有一個國家，且就只有這個國家，總會在方濟各的禱告和談話中缺席，那就是中國，這點值得注意」。
長遠目標
方濟各的批評者說，該協議是羅馬教廷為與北京建立全面外交關係而進行的長期努力的一部分，但梵蒂岡外交官犯了一個錯誤，那就是寄希望於續簽的協議能讓他們對北京施加影響力。英國評論家多米尼克・勞森（Dominic Lawson）說，在談到羅馬教廷和羅馬天主教會在1933年簽署的協議書時表示，那是前任教宗犯下的錯誤。
而梵蒂岡2018年協議的支持者則認為，教會有責任保護中國1300萬天主教徒。他們認為，通過加強羅馬教廷與北京之間的聯繫，梵蒂岡可以在幕後施加影響。一位不願透露姓名的梵蒂岡外交官表示，「不是所有成就都是通過大喊大叫來完成的。」
出賣天主教徒？
這種觀點並未使中國地下天主教會的一些成員滿意，該教會不齒於與政府批准的中國愛國天主教會結盟。他們認為梵蒂岡正在出賣他們。當該協議於2018年簽署時，香港榮休大主教陳日君（Joseph Zen）指責梵蒂岡背叛信徒，並「出賣了中國的天主教會」。
中國政府有條件的承認五種宗教，即世俗當局保留對人事任命，財務和出版物的控制權。而政府不能控制的其他宗教被歸類為「邪教」，成員有被監禁的風險。中共當局拆除了數百座宗教禮拜場所，擁有這些場所的宗教團體拒絕服從。
今年3月，人權觀察（Human Rights Watch）發表了一份報告，指出方濟各讚揚中國遏制冠狀病毒爆發的「堅定決心」。該組織表示： 「儘管他呼籲世界各國領導人把人權放在所有政策的核心位置，然而，與他直言不諱批評西方政府的邊境控制政策形成對比的是，教宗對中國政府嚴重侵犯人權的行為保持沉默，包括在中國各地迫害基督徒和其他宗教團體，以及在新疆進行嚴厲鎮壓。」
人權觀察的報告指出，「香港許多天主教徒敦促他提及香港的抗議活動，但方濟各卻避之不談。隨著北京對中國宗教自由的壓制，教宗方濟各的沉默尤其令人不安。」
