1980年代身為中華民國總統兼中國國民黨主席的李登輝，代表中華民國政府且於公開場合多次表露要實現以三民主義統一中國的理想。
1988年2月，他在繼任後的首次記者會上說：「只有一個中國而沒有兩個中國的政策。只有一個中國，我們必須以三民主義統一中國。」1990年10月，李登輝又表示：「中國只有一個，應當統一，也必須以三民主義統一中國，任何一個中國人都不能自外於「以三民主義統一中國」的責任，也不應自外於以三民主義統一中國的努力」。
1991年，李登輝主持下的國家統一委員會通過了《國家統一綱領》（2006年2月分別被時任總統陳水扁下令以「終止運作、終止適用」的名義撤銷和廢除），在《國統綱領》中，寫有「臺灣固爲中國一部分，大陸也是中國的一部分」。
1995年的中華民國國慶，他這樣表示：「四十多年來我們之所以奮鬥不懈，就是要爲將來以三民主義統一中國立下可供遵循的典範」。此外，他也曾在接見美國聯邦眾議員湯姆·坎貝爾二世（Tom Campbell II）的時候，表示「『臺獨』只會斷送國家的大好前途，犧牲社會的安定繁榮，這是不可能，也不應該的，我們應該以三民主義統一中國」這樣的話語。
1990年任用郝柏村出任行政院長，他在回憶錄說可以瓦解「李煥與郝柏村的結盟」，使李煥的去職不再被杯葛，且可以讓郝柏村辦理退役、交出軍權。
但在統獨議題上，郝柏村堅定反對「台獨」為海內外所周知，他在立法院面對立委謝長廷的質詢時曾說：「在任何情況下我都不接受台獨，這是我的良心。」在答覆陳水扁質詢時說：「關於台獨，這個是沒有妥協的餘地，我不敷衍。
1993年李登輝與郝柏村從「膽肝相照」走到「膽肝俱裂」，李登輝在民進黨國代與一些國民黨主流派國代大呼籲郝柏村下台，借力使力，逼迫郝柏村下台，郝柏村在高呼「中華民國萬歲，消滅臺獨」後宣布辭職。
幹掉了郝柏村以後，台灣已無軍事強人，一些稍有頭臉的軍頭皆已被馴化，李登輝龜忍多年的台獨理念也逐漸顯現。
1999年7月，他在接受德國之聲錄影專訪的時候，明確提到海峽兩岸的關係，是「特殊的國與國關係」，這也就是著名的「兩國論」。他在受訪時這樣表示：
1991年修憲以來，已將兩岸關係定位在國家與國家，至少是特殊的國與國的關係，而非一合法政府，一叛亂團體，或一中央政府，一地方政府的「一個中國」的內部關係。所以，戰爭既已結束，則中華人民共和國政府將中華民國視為「叛離的一省」，有昧於歷史與法律上的事實。
